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哈尔滨工业大学食品科学与工程学院创建于2005年12月，前身为哈尔滨工业大学食品科学与遗传工程研究院。
学院下设食品科学系、食品工程系、生物化工系、食品安全研究中心、中法国际乳品科学与技术实验室（HIT-INRA）。国家轻工业甜菜糖业质量监督检测中心、黑龙江省食糖产品质量监督检验站、全国甜菜糖业标准化中心挂靠在我院。2005年12月，以学院为主体与法国国家农业科学研究院联合成立了“中法乳业学院”。由我院负责编辑出版的《中国甜菜糖业》是我国唯一公开对外发行的甜菜糖业中文科技核心期刊，《生物信息学》是从2004年起对外公开出版发行的中文科技核心期刊。
学院共有教职工39人，其中教授4人，博士生导师3人，具有博士学位的教师占教师的48%，在读博士占具有硕士学位的青年教师的35%。境外（爱尔兰）兼职博士生导师1人，境外兼职教授3人（美国、台湾、日本），境内兼职教授1人 。
学院现已形成本科生、研究生培养等多层次办学体系。 从2004年起在化学工程与技术一级博士点下招收生物化工专业方向的博士和硕士研究生，2005年开始招收食品科学与工程专业的本科生，2007年将招收食品科学专业的硕士研究生。
学院承担着国家“863”计划、国家科技攻关、农业部科技专项、省部市级重点攻关计划和基金等多项科研课题，另外还承担着企业、部门间的横向课题和其他多项国际合作项目。研究领域涉及食品安全与质量控制，食品安全标准化研究，乳与乳制品理论与技术，现代农产品加工技术、装备和品质，天然生物活性成分的分离与纯化技术，功能性食品和新食物资源的开发与利用，生物反应过程控制和生物反应器的设计，食品发酵技术及工程，食品生物技术，以及食品科学基础理论的研究。
学院自成立之初就坚持高起点、国际化办学的思路，短短两年来，已与法国农业科学院、加拿大J.R实验室、法国雷恩农学院等国际知名高校和研究机构建立了广泛的教学和科研合作关系。自2005年起，学院与法国农科院联合培养乳品专业的博士研究生，与法国雷恩农学院联合培养乳品和食品生物技术方向的硕士研究生，将为我国食品科学研究和食品工业培养更多的优秀人才。
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