1938年南开大学与北京大学、清华大学合组迁往昆明，改称西南联合大学。抗日战争胜利后，三校复原北归，南开大学迁回天津并改为国立。复校后设文学院、理学院、政治经济学院和工学院，计16个系，另设有经济研究所、应用化学研究所及边疆人文研究室，师资力量有了加强。

1952年全国高等学校院系调整，南开大学由一所学科比较齐全的大学变成了一所仅拥有文理学科的综合性大学，设有14个系，3个专修科。改革开放以来，南开大学焕发青春活力。1980年以后，南开大学为适应社会主义现代化建设需要，利用老专业基础好的优势，建立了一批新的专业和研究机构。文科重点增设了以财经类为主的应用性专业，并在此基础上于1983年恢复了经济学院，理科重点增设了交叉、边缘和高新科技类专业。到20世纪80年代中后期，南开大学发展成为一所包括人文社会科学、自然科学、技术科学、生命科学、管理科学及艺术等多学科的综合大学。1994年，天津对外贸易学院并入南开大学。

继张伯苓之后，何廉、杨石先、藏伯平、腾维藻、母国光先后任南开大学校长，现任校长是侯自新。

南开大学法政学院设有法学系。始建于1980年，经过二十年的发展，已具有一定的规模。法学系现有教师21名，其中教授3名，副教授13名，讲师5名；在校本科生、研究生和外国留学生及成人教育等各类学生700余人。

法学系现设法学本科专业，硕士研究生招收民商法和比较法学两个专业和方向。根据社会需要和"厚基础、宽口径、淡化专业"的教改方针要求，法学系大力推进培养"法学通才"的教学改革，强化公共基础课和专业主干课的教学与实践。法学系的培养目标是，培养能胜任国家权力机关、行政机关、司法机关工作，并能在律师事务所、公证机构、企事业单位从事法律服务工作的高级应用人才和在大专院校、科研单位从事法学教学、科研工作的高级人才。法学系形成了老、中、青相结合的师资队伍和学术梯队，所有教师全部承担一线教学任务。在科研方面，近年来，由法学系教师编写的专著、教材和工具书40多部，发表学术论文140多篇。

法学系注重学生读、写、议、用和实际工作能力的培养。通过举办"模拟法庭"和到司法机关、律师事务所实习等方式，使学生将书本知识应用于实践，强化实践能力的培养。

法学系还注重国内和国际学术交流，定期或不定期聘请国内著名专家学者来系讲学。法学系已同日本、美国、加拿大、丹麦、德国等国家的多所大学建立了学术交流关系，研讨各国法学教学方式、方法，研讨各国法律制度、体系及应用情况。法学系通过聘请客座教授和兼职教授，互派教师进行学术访问或进修，举办国际学术会议等形式广泛进行国际学术交流。