兰州大学基础医学院前身为1932年12月成立的甘肃学院医学专修科的医学基础各教研室；1978年在各教研室的基础上建立了医学基础部；1992年改称基础医学部（简称基础部）；2001年兰州医学院基础医学部与临床医学系合并，成立基础医学院；2004年11月18日，随兰州医学院并入兰州大学；2005年3年9日成立兰州大学基础医学院；2008年1月7日，根据兰州大学医学管理体制的要求，兰州大学医学实验中心、药学院药理学研究所和临床医学院手术学实验室并入兰州大学基础医学院。
基础医学院是医学校区最大的教学、科研部门，承担基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院等医学相关学院各专业的研究生、本科生、成人继续医学教育等各种层次、各种类型学生的全部医学基础课教学，是医学教育的重要基地和医学基础理论的研究中心，是一个多学科综合的教学、科研部门。
学院现设15个教学科研基层组织，1个办公室，15个党支部。基层组织分别是人体解剖学与组织胚胎学研究所、遗传学研究所、生理与心理学研究所、医学生物化学与分子生物学研究所、病原生物学研究所、免疫学研究所、病理解剖学研究所、病理生理学研究所、中西医结合研究所、药理学研究所、循证医学研究所、外科手术学研究所、护理系以及基础医学实验教学中心、医学实验中心等；同时下设循证医学研究中心、结核病研究中心、遗传学研究中心等科学研究中心3个。
学院现有教职工202人，其中专职教师137人，教辅43人，学生管理干部10人，办公室干部12人。专职教师中教授20人，副教授27人，讲师81人，助教9人，共有博士20人，占专职教师总数的15.03%；硕士85人，占专职教师总数的63.91 %。其中，“教育部长江学者特聘教授”1人，“教育部长江学者讲席教授”1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人，“国家级优秀专家”2人，“国家优秀教师”1人，“五一”劳动奖章获得者1人，“省级优秀专家”2人，“省园丁奖”5人，“省级教学名师”1人，“省青年教师成才奖”7人，“跨世纪学科带头人”8人，“333”“555”人才10人，“省卫生厅中青年学科带头人”3人。
学院现有二级学科博士点2个：中西医结合临床、遗传学；省级重点一级学科1个：中西医结合；一级学科硕士点2个：基础医学、中西医结合；二级学科硕士点 9个：生理学、病理学与病理生理学、病原学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、中西医结合临床、免疫学、中西医结合基础、遗传学；本科专业5个：临床医学、麻醉学、医学影像学、医学检验、护理学。现有在读本科生1500余人，研究生186人。省级重点实验室一个：甘肃省新药临床前研究重点实验室；省级实验室一个：甘肃省实验动物质量检测实验室；省级实验教学示范中心一个：基础医学实验教学中心。
学院目前主持国家自然科学基金项目3项，主持863项目1项、973子项目1项，建立国际合作项目2项，卫生部研究课题2项，甘肃省科技厅各类科研项目16项，兰州大学青年交叉基金3项，兰州大学医学基金20项。近5年来在国际学术刊物发表学术论文40余篇、国家级学术刊物发表学术论文300余篇。
医学实验中心是我院科学研究平台。医学实验中心现有实验室建筑面积12000多m2，大型、精密科研实验仪器100多台（件）、设备总价值3500万元。有分子生物学实验室、细胞生物学实验室、免疫学实验室、生物芯片实验室、PCR实验室、电镜室、细胞培养室、生物样品制备室、低温实验室、DNA序列分析室、流式细胞仪室、激光共聚焦显微镜室、显微图像分析室、毛细管电泳仪室、高效液相色谱仪室、原子吸收分光光度计室、血液生化检测室、实验动物质量检测中心等20多个功能实验室和仪器室。
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