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公共卫生学系创建于1986年，现在是西安交通大学医学院的一个一级学科系。公共卫生学系现有流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学两个二级学科博士学位授权点，公共卫生与预防医学一级学科硕士学位授权点（含流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、以及卫生毒理学等学科）和公共卫生专业硕士（MPH）学位授权点。系现有专职教师及研究人员65人，其中教授10人，博士生导师5人，外聘兼职或客座教授9人，副教授12人。学科内设有微量元素与地方病卫生部重点实验室、预防医学研究所和地方病研究所等研究机构。
公共卫生学系紧密围绕当前公共卫生与预防医学领域国际发展的方向和国内疾病控制、环境保护与健康促进工作的需求，积极开展学科前沿基础与高技术应用研究，开展广泛的国际、国内合作与学术交流。主要研究方向有健康评价与公众营养、疾病控制与健康促进、传染病流行病学、环境与疾病相关基因、慢性病流行病学、地方病病因及防治、医学数据管理与分析、卫生毒理、食品安全、围产与优生、儿少发育与身心健康评价、妇幼营养与保健等。系与美国德克萨斯大学公共卫生学院合作，率先在国内成功开展了公共卫生专业硕士（MPH）学位教育的试点工作，与澳大利亚纽卡西尔大学、比利时布鲁塞尔大学、德国爱尔兰根大学以及英国伦敦大学等建立了良好的科研合作和对等交流关系。
近年来，公共卫生学系承担国家科技攻关、自然科学基金项目、部（省）级攻关、重点科研课题以及国际合作项目等80多项，累计科研经费约1000余万元；获国际奖2项，国家科学技术奖4项，省部级奖45项，国家专利7项；先后发表科研论文1000多篇，其中SCI、Medline收录80余篇；主编/参编八年制规划教材、教材和专著三十多部；培养博士研究生40多名，硕士研究生250余名。本学科在健康评价与公众营养、疾病控制与健康促进、地方病病因及防治研究、传染病流行病学等方面已形成相对稳定的、具有优势和特色的研究方向，为国家公共卫生事业的发展，特别是在西部地区的疾病控制与预防工作中做出了积极的贡献。
公共卫生学系每年招收预防医学专业本科生20名，博士学位研究生10余名，硕士学位研究生30名左右，MPH学生20余名。本科专业主要培养我国医疗、卫生、防疫和保健服务事业急需的、具有较宽厚扎实医学基础理论、系统广博专门知识和综合技能的公共卫生与预防医学方面的专门技术人才。本科专业要求学生在全面掌握基础医学、临床医学基本理论与知识技能，能对常见病、多发病进行诊断、治疗的基础上，系统地学习和掌握预防医学专业理论和方法，具备解决预防医学和公共卫生实际问题的能力，进行相关管理、科学研究、信息收集和数据处理的能力以及应用外语的能力。学生毕业后可以在疾病预防与控制、卫生监督、营养与食品安全、环境保护与环境监测、海关检疫、地方病防治、妇幼保健、学校卫生、劳动保护、健康教育、卫生行政等领域从事科学研究、教学、管理、开发和设计应用工作。也可以选择在医疗机构从事临床工作，或到保险业，药品、食品企业，健康咨询机构从事相关技术工作。
公共卫生学系下设的主要教学和研究机构有流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养儿少与卫生检验学，以及地方病学等四个学科机构和一个教学实验中心，涵盖流行病学、卫生统计学、劳动卫生与职业病学、环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、卫生微生物学、卫生化学、地方病学等专业。
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