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基础医学院的前身是基础医学教学部，成立于1986年。2010年学校进行了机构调整，由原基础医学教学部和原临床医学系（前3年）组建成现在的基础医学院，为基础医学教育和临床医学专业的主体部分，辖体育教学部。现有《运动康复与健康》专业、学生工作办公室、13个基础学科教研室（研究室）和3个医学实验教学中心，承担全校各专业、留学生、研究生的公共基础类课程、医学专业基础类课程50余门和实验课30余种，还承担学校高水平（优秀）运动员的训练、竞赛和管理工作。
基础医学院主要从事多层次基础医学教育和生物医学领域疾病防治的基础研究，有一支勤奋敬业，业务精湛，学风优良的优秀教师队伍，以治学严谨著称。共有教职工230余人，其中教授42人，副教授48人，硕士、博士180余人，研究生导师50余人。有多人担任全国专业学会理事、常务理事、省级学会副理事长等职，多人被评为全国优秀教师、山东省优秀教师、山东省教学名师，另有卫生部优秀青年科技人才、山东省卫生系统中青年重点科技人才、博士生导师等一批有一定影响的科技专家。近年来承担“863”合作项目、国际合作项目、国家自然科学基金、卫生部、教育部、省科技攻关、省自然科学基金等60余项，取得省级及以上科技进步奖多项，每年发表学术论文180余篇，20余篇被SCI等权威文献机构收录。
基础医学院还是一级学科硕士点，含9个硕士学位授权学科（人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学与分子生物学、病理学、病理生理学、寄生虫学、微生物学、免疫学）。拥有山东省“泰山学者”设岗学科1个、省级重点学科1个、山东省重点实验室1个、省级实验教学示范中心1个，山东省省级教学团队1个、5门省级精品课程，拥有比较雄厚的教学、科学研究综合实力和精良的教学科研平台。
临床医学专业是学校的传统优势专业，2009年被教育部批准为高等学校特色专业建设点，以招收五年制学生为主。《运动康复与健康》专业为新上专业，2009年由教育部批准，2010年开始招生，学制4年，该专业毕业生社会需求量大，具有良好发展前景，另每年招收硕士研究生30余人。基础医学院秉承“夯实基础，成就未来”的治学理念，始终坚持教学中心、育人为本，以使每个学生都能顺利完成学业、知识能力素质协调发展、具有良好思想品质和职业道德、具有扎实的专业基础理论和技术技能、能够适应未来社会需求的医学类高级专门人才为根本目的，以扎实有效的思想政治教育和高水平学生管理为基本保障，打牢医学教育的“基础”，高质量完成本阶段学习任务，并能顺利向后续课程（临床医学）过渡。
历经60多年的风雨洗礼，基础医学院形成了“自强不息、锐意进取”的优良传统。站在新的历史起点，我们将继续发扬这一光荣传统，把培养德艺双馨、具有广阔视野和社会责任感的医学人才作为时代赋予我们的崇高使命，为人民医疗卫生事业做出新的贡献。
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