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马祖光，1928年4月11日生于北京。1946年至1950年在青岛山东大学物理系学习。1950年9月到哈工大工作，同时在研究生班学习。在学习期间，他被抽调到物理教研室任副主任、讲师。1952年月10月7日加入中国共产党。1958年8月至1970年，他创办了核物理专业，任主任、副教授。1970年，他创办了哈工大光电子技术专业（原激光专业）。1979年8月至1981年11月，他在Lambda Physiks公司和Hannover大学作访问教授。他回国后，任光电子教研室主任、教授，同时担任哈工大光电子技术研究所所长。1994年，他创建了国家级重点实验室（可调谐激光技术重点实验室），任主任。1996年，他任哈工大光电子研究所名誉所长。从1986年6月开始，他任哈工大物理电子学博士点博士生导师。
1987年，他担任国家“863”激光领域第一批领域专家、顾问。1986年至2000年担任中国光学学会理事。1988年10月他担任国务院学位委员会委员、光学工程学科评审组成员、国家教委军工学科组成员、国家教委科技委员会委员。1990年，他担任航空航天部科技委员光电子专业组副组长，同年担任国家自然科学基金委学科评议组成员。1991年，他担任航空航天部科技委员会委员。2001年，他被评为中国科学院院士。从1982年开始，他分别担任《光学学报》编委、《光谱学与光谱分析》常务编委、《量子电子学》编委和黑龙江省光学学会理事长。
马祖光长期从事激光介质光谱、新型可调谐激光和非线性光学及应用研究。他在二聚物准分子、固态三原子准分子、四原子分子准分子、真空紫外波段离子准分子等体系上进行了长期系统的研究，取得了一系列创新性成果。同时，他致力于发展具有国防应用前景的新型可调谐激光及电子研究，取得了重大进展。在国际上他首先实现了激光振荡10项，发现新荧光谱区17个，首先观察到非线性光学过程7种，在国际光学界有一定影响。他的“钠双原子分子第一三重态跃迁”研究，是国际上的一大热点，他寻找到了新激励途径，首先观察到荧光辐射。他领导的课题组系统地对准分子激光体系，在理论与实验上探索了产生可调谐激光的可能性，并在实验上获得一系列成功。他领导的学科组开展了一系列对国防光电子应用有重大意义的探索和研究，并承担了一批激光工程应用亟待解决的重大课题。一些研究成果获国家自然科学奖、国家专利，多次获省部级科技进步奖。
马祖光发表的《紫外泵浦Na2（B 3∑g）—Na2（x 3∑u）的发射光谱》、《Na2中紫外准分子发射》等论文在国内外光学界有较大的影响。他编著了《激光实验方法》一书，编译了《原子核理论》等著作。发表主要学术论文140多篇，被SCI、EI录用71篇，编撰著作3部。
1960年，马祖光被评为哈工大红旗手，从1982年至1988年，他被连续评为校优秀共产员，曾获黑龙江省优秀共产党员称号。1984年和1986年他两次获黑龙江省特等劳模。1986年，他获全国优秀教育工作者称号并获“五一”劳动奖章，同年，荣立航天部一等功，被评为航天部预研先进工作者。1985年9月15日，他作为党代表出席了全国党代会。1987年10月25日，他作为代表又出席了党的十三大代表大会。
2003年7月15日，马祖光教授因病逝世于北京，享年75岁。
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