吉林农业大学食品科学与工程学院前身为食品科学系，始建于1984年，1997年5月正式成立食品工程学院。2006年9月根据学校发展需要，更名为食品科学与工程学院。经过多年的建设和发展，现已成为吉林农业大学办学特色鲜明，学科优势明显，师资力量雄厚，科研成果众多，在国内相同学科领域中具有重要影响的院系之一。
学院现设有食品科学与工程、粮油工程（粮油深层开发与利用）、食品质量与安全、农产品储运与加工四个本科专业；食品科学学科具有博士学位授予权，食品科学与工程学科具有一级学科硕士学位授予权。学院目前设有食品科学、农产品加工及贮藏工程、粮食油脂与植物蛋白工程、水产品加工及贮藏工程、发酵工程等五个二级硕士学位授予权的学科。其中食品科学学科为吉林省“十五”、“十一五”重点学科。学院下设食品科学、食品工程、轻化工程三个系，有食品科学、农产品贮藏加工、发酵工程、粮油加工、食品工程、食品质量安全六个教研室；学院设有农产品深加工与与质量安全省级重点实验室和食品工程与食品安全工程研究中心、食品生物制造科技创新中心。建有畜产食品加工工艺、粮油深加工工艺、农产品加工贮藏三个校内中试基地，以及6个实验室。学院为中国畜产品加工研究会副理事长单位和团体会员单位，吉林省食品学会和酿酒协会团体会员单位。
    食品科学与工程学院现有教职工62人，专任教师52人，主讲教师48人，有教授9人，副教授10人，讲师23人，教师中具有博士学位的13人，硕士学位的25人。教师平均年龄35岁。多年来，先后选派25人次赴国外留学和进行学术交流。学院现有在校本科生1,657人，全日制博士、硕士研究生154人，专业硕士学位研究生68人。
　　多年以来，学院的学科建设和教学改革取得了丰硕成果。1997年在学院成立的同时，联合省内外11家大中型食品企业本着“优势互补、互惠互利、共同发展”的原则，在全国农业高校率先创建了校企联合办学董事会。学院董事会成立以来，在学科专业建设、师资队伍建设、人才培养以及科研与产业开发等方面都取得了显著的成绩，办学规模、办学水平得到了明显提高。目前，学院董事会成员单位已经发展到26家，较好地保证了实践教学和毕业生就业的需要。学院毕业生一次性就业率连续5年达100％。学院还十分重视课程建设和教材建设，有四门课程被评为省级优秀课程，共主编和参编各类教材40余部，其中主编全国统编教材和“十五”规划教材16部。
　　学院紧紧围绕为国家和地方经济建设服务的办学宗旨，重视科学研究和科教兴农工作，取得了显著的科研成果。学院先后共承担国家和省部级科研课题50余项，其中多项成果获得了省级科技进步奖。学院积极开展科研成果转化和科教兴农工作，多年来转让推广技术成果20多项，与企业联合攻关，共同研发新产品36个，多个产品获得优秀新产品奖，创经济效益近2亿元。几年来，学院在国内外学术期刊及学术会议发表论文200多篇。
　　学院注重学术交流，目前与日本、美国、韩国、俄罗斯、乌克兰等国高等院校及科研院所建立了长期稳定的学术交流与技术合作关系，成功主办了“畜产品加工研究会第三届二次理事会议”，“第八届全国高等农业院校食品科学与工程专业教学与学术研讨会”等全国重大学术会议6次。
在国家振兴东北等老工业基地战略和发展农产品加工产业的大好形式下，吉林农业大学食品科学与工程学院将充分发挥学科优势与办学特色，抓住机遇，审时度势，进一步集中精力，凝练方向，在加快学院的建设与发展的同时，加强与国内外相同学科领域的交流与合作，开拓进取，团结奋进，为国家和地方经济建设做出更大的贡献。