经济管理学院是在农业经济管理专业的基础上发展起来的。该专业始建于1963年，“文革”期间中断，1979年，在原农学系设立农业经济管理专业，并恢复招生，1981年成立农业经济系，1992年，将原商业部委托的“应用化学（农业化学）”、“野生植物资源开发与利用”两个专业并入，成立农商学院。而后管理类专业不断增加，除农业经济管理和市场营销本科专业外，先后办过会计统计专科、市场营销专科、贸易经济专科。为优化专业布局，学校于2000年对管理类专业进行了整合，在原农商学院经济类专业的基础上，将土地资源管理专业、会计与电子商务培训中心并入，成立了管理学院。2006年9月管理学院更名为经济管理学院。

经济管理学院下设5个系：农林经济管理系、土地资源管理系、市场营销系、工商管理系、财务管理系。现有农林经济管理专业、土地资源管理专业、市场营销专业、工商管理专业、财务管理专业、财会教育专业等6个本科专业和市场营销1个专科专业。传统优势学科—农业经济管理为省级重点学科，农业经济学、西方经济学、技术经济学、管理学、财政与税收等5门课程被评为省级    优秀课程。拥有农业经济管理、林业经济及管理和技术经济管理、畜牧业经济管理、农业资源环境经济管理等硕士学位授权点。拥有农林经济管理一级学科博士学位授予权，下设有农业经济管理、林业经济管理4个二级学科博士点。2007年获准设立农林经济管理博士后科研流动站。
         经济管理学院拥有经济计量实验室、商品学实验室、管理案例实验室、土地资源管理实验室、ERP沙盘模拟实验室、财会模拟实验室等6个实验室和由图书室、期刊阅览室构成的资料室。  
       挂靠学院的研究机构和社会团体有：吉林农业大学中国粮食主产区农村经济研究中心（吉林省普通高等学校人文社会科学重点研究基地），吉林农业大学东北亚农业与农村发展研究中心，吉林农业大学新农村建设研究院，吉林农业大学粮食经济研究中心，吉林省农业经济学会。  
         学院师资力量雄厚，梯队合理，以中青年教师为主体。现有教师65人其中教授9人，副教授16人；有博士学位的8人，占教师总数的12.3%；有硕士学位的43人，占教师总数的66.2%；在职攻读博士学位的9人，在职攻读硕士学位的4人；有博士生导师4人、硕士生导师14人。教师中有国家级有突出贡献专家，国务院学位委员会农林经济管理学科评议组成员，教育部教学指导委员会农业经济专业委员、教育部高等学校教学评估专家组成员、中国农业经济学会副理事长、吉林省政府决策专家咨询委员会委员、科技咨询委员会委员和吉林省软科学指导委员会委员。  
        多年来，经济管理学院共培养出本专科生2500余人，硕士博士研究生200余人。现在在籍本专科学生2413人、硕士研究生111人、博士生37人，是我校学生规模最大的学院。  
        经济管理学院积极面向地方经济建设开展科学研究工作。近年来先后承担，各级课题39项，其中国家自然科学基金项目2项，吉林省科技厅软科学项目7项，吉林省社科规划办项目3项，吉林省厅局级项目18项，其它8项。多项科研成果和咨询意见被省市政府及有关部门采纳。

经济管理学院不断加强国际间的学术交流与合作，先后同日本，美国，加拿大，荷兰、韩国等国家的农业经济学专家和学者建立了友好合作关系，进行学术交流和开展科研协作。