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长江上游是中国陆地生态系统的“缩影”，是研究跨尺度森林生态系统过程的天然实验室。同时，长江上游也是我国第二大林区（西南林区）的主体，被誉为“重要的绿色生态屏障”、“中国半壁江山的水塔”、“生物多样性宝库”和“未来气候变化的晴雨表”，而森林生态系统在维系生态安全和经济安全等方面具有不可替代的核心作用和地位。但长江上游森林生态系统存在系统功能总体不高、森林植物资源开发与保存研究不足、全球气候变化以及频繁的极端灾害事件正在改变森林生态系统的结构和功能等林业生态安全问题，而现有的林业生态理论和技术研究成果还远远不能满足长江上游生态安全屏障建设的科技需求，高层次人才的培养水平还亟待提高。
为进一步贯彻落实科学发展观和实施可持续发展战略，紧密围绕《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》中有关“生态脆弱区域生态系统功能的恢复重建”、“重点开发岩溶地区、青藏高原、长江黄河中上游等典型生态脆弱区生态系统的动态监测技术、退化生态系统的恢复与重建技术，建立不同类型生态系统功能恢复和持续改善的技术支持模式，构建生态综合评估及技术评价体系”、“种质资源发掘”、“农林生物质资源综合开发利用”及“重大江河综合治理、生态与环境保护的综合优化配置技术”等优先主题的部署，2011年4月，四川农业大学在林学院的基础上，组建了四川农业大学生态林业研究所。
生态林业研究所将以维持长江上游生态安全和林业生产安全的亚热带常绿阔叶林、低效林、工业原料林、退化森林生态系统和亚高山/高山森林生态系统为研究对象，重点开展长江上游森林生态系统过程、长江上游林业生态工程和林木新品种培育与新材料创制、特色林产品综合开发利用技术等研究，以期形成一支在国内有特色、国际上有一定影响力的林业生态研究团队和高级科研人才培养基地，为长江上游生态安全屏障建设和林业可持续发展提供重要的理论和技术支撑。
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