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四川农业大学水稻研究所的前身为创建于1936年四川大学农学院稻作室，1988年经省政府批准成立研究所。历经杨开渠教授、李实贲教授和周开达院士等前辈及全体教职工的共同奋斗与发展，现已成为我国重要的水稻专业研究与人才培养单位。在岗专家中，有中国工程院院士1人，教授（研究员）10人，副教授（副研究员）9人，具有博士学位的17人，四川省学术和技术带头人7人，享受政府特殊津贴专家5人，国家百千万人才第一、二层次人选2名。
现有博士生导师9人，硕士生导师16人，招收作物遗传育种、生物化学与分子生物学、作物栽培学与耕作学、遗传学等专业的硕士研究生，以及作物遗传育种、生物化学与分子生物学、作物栽培学与耕作学等专业的博士研究生。
设有水稻遗传、杂种优势利用、生物技术、品质改良与种子工程、栽培和生理等6个研究室。四川省农业生物技术工程研究中心挂靠本所。
自建所以来，在杂交水稻品种选育、水稻重要农艺性状基因的遗传和克隆、生物技术育种及水稻栽培技术等研究方面取得了显著成绩，育成了近百个杂交稻新组合，有7个被农业部认定为超级稻品种；育成的冈D型和其它类型杂交稻在全国15个省市和东南亚国家推广应用，产生了巨大的经济和社会效益。获得国家级、部省级各种奖项共40余项，其中国家发明一等奖1项、科技进步二等奖3项、三等奖1项，四川省科技进步特等奖1项、一等奖6项。
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