华西药学院前身为华西协合大学理学院药学系，创建于1932年，是我国最早的全日制本科高等药学院系之一。1953年，更名为四川医学院药学系，随后设立药学和药物化学两个专业；1985年，四川医学院药学系随学校改名为华西医科大学药学系，1987年3月，在原药学系和药物研究所的基础上建立药学院；1989年，在国内率先招收临床药学专业的本科学生；2000年10月，原华西医科大学与四川大学合并，组建新的四川大学，随之更名为四川大学华西药学院。 

华西药学院现有建筑面积27000平方米 的教学楼和实验楼，分布在风景如画的华西钟楼和荷花池畔。 现有六个学系，一个药物研究所，三个中心，即：药物化学系、药剂学系、天然药物学系、药物分析学系、药理学与生物制药学系、临床药学与药事管理学系；药物研究所；现代药学专业教学中心实验室、分析测试中心 和药事管理培训中心 ；还设有1个生药标本馆和药用植物园。 

华西药学院现设药学本科专业，下设药物化学、药学和临床药学三个专业方向。为药学一级学科博士学位授权单位，有药学博士后流动站1个，二级学科博士授权点3个（药物化学、药剂学、药物分析学），二级学科硕士授权点6个（药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、微生物与生化药物和药理学）。可招收博士的学科包括：药物化学、药剂学、生药学、药物分析、药理学、临床药学、药事管理学、天然药物化学、靶向药物设计。可招收硕士的学科包括：药物化学、药剂学、生药学、药物分析、微生物与生化药学、药理学、临床药学、药事管理学、天然药物化学。其中药剂学为全国重点学科，药物化学和药剂学为四川省重点学科。

华西药学院现有教职工118人，其中教授23人，副教授、副研究员和高级实验师等33人，讲师26人，博士研究生导师19人，硕士研究生导师20人。目前人才队伍中有国务院学位委员会学科评议组成员1人，国家杰出青年基金获得者2人，教育部跨世纪（新世纪）优秀人才资助计划5人，四川省学术和技术带头人4人，四川省杰出青年基金获得者5人。

华西药学院每年招收本科生200名，博士生、硕士生160余人，全院在校生近1300人。