基础学院的前身是基础医学部，成立于1958年，2004年7月更名为基础学院。基础学院负责管理负责生物技术系、生物医学工程系及药学系，下设15个教研室和3个实验中心。承担全校临床医学、医学检验学、医学影像等各专业本科生及研究生的公共课、公共基础课及专业基础课的教学工作。基础学院现有授课教师214人，高级职称91人，博士和硕士学位142人，国务院特殊津贴1人；广东省“千百十工程”培养对象16人，其中省级培养对象2人，校级培养对象14人；全国优秀教师1人，南粤优秀教师4人，广州医学院教学名师2人。

基础学院明确教育教学改革目标，瞄准、紧跟国内一流医学院校改革步伐，在教材建设、课程建设（教学内容与体系、教学方法与手段）等方面，结合实际与时俱进，进行了全方位的改革，以改革充实内涵、促进发展。采取评教、评学、评管等措施进行了教学质量监控，有效保障了教学过程的规范实施，提高了教学水平和质量。基础学院目前有市级精品课程3门（生理学、病理学、病理生理学）；校级精品课程3门（机能实验学、药理学、人体解剖学）。近三年来教师积极参与编写出版教材、教学参考和实验指导等，其中主编（含副主编）出版教材24部，参编出版教材37部；教师发表教学论文185篇；百余人次获得不同等级的教学奖励和荣誉称号：获全国多媒体课件大赛奖12项，省、市级教育软件奖7项，校级教育软件奖7项；校级以上教改课题15项，其中省部级10项，市级5项，获得省市级教学成果奖3项，校级教学成果奖7项。

在学科建设与科学研究方面，积极落实学校学科强校的发展战略。基础学院目前有省级重点扶持学科2个（药理学、病理学与病理生理学）；市重点学科2个（药理学、病理学与病理生理学）；硕士学位授予点5个（药理学、人体解剖学与组织胚胎学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、医学免疫学）。近三年来，基础学院承担国家863重大攻关项目及国家自然科学基金6项，省部级科研项目14项，市厅级科研项目32项，总科研经费达735万元。2004年获广州市科技进步二等奖一项，2005年获广东省科技进步三等奖和教育部提名国家科学技术(自然科学)奖二等奖一项。获发明专利授权一项。在国内外杂志上发表论文年均150余篇。