食品学院前身是原石河子农学院食品系，成立于1985年，1996年石河子大学成立改名为石河子大学工学院食品系，2001年大学深化体制改革成立了石河子大学食品工程学院，2005年更名为石河子大学食品学院。

　　“十五”期间，食品学院按照“抓住机遇、加快发展，以人为本、强化素质，推进改革、突破创新，群策群力、科学管理” 的办学指导思想和大学的总体规划，注重党的思想建设，加强教师队伍建设，以教学为中心、以学科建设为重点，突出科技创新和科研成果转化，强化学生的教育管理，较好地实现了“十五”制定的各项工作目标，为食品学院实现跨越式发展奠定了基础。

　　学院现设有“食品科学与工程”，“食品质量与安全”两个本科专业，其中“食品科学与工程”专业设置食品科学、农产品加工与贮藏工程、发酵工程三个专业方向；“农产品加工与贮藏工程”为硕士授予点和大学重点学科。

　　学院经过不断的建设与发展，2007年教职工总数为48人，其中教师36人,(教授4人，副教授8人），具有博士学位2人，在读博士3人，硕士学位17人，硕士生导师4人。兵团学术技术带头人2名，石河子大学骨干教师2名。学院现有全日制本科学生4个年级524人，在读研究生3个年级52人，专任教师与学生的师生比为1：11，相对比较合理。学院实验室总面积达2000平方米，由食品工程、食品工艺两个综合实验室组成，各类实验仪器设备总价值650万元左右。

　学院坚持“立足生产实际，突出区域特色，实行多学科交叉”的研究理念，紧紧围绕新疆特色资源开发这一重点，取得了一定的成绩。近年来承担国家级、兵团级、校级科研项目及横向课题30余项，其中获兵团科技进步二等奖1项，三等奖2项，获地区级科技进步二等奖3项。三年来全院教师共发表论文200余篇，其中SCI3篇，全国中文核心期刊90余篇。