该系与贵阳中医学院第二附属医院实行“院系合一”管理体制。

　　贵阳中医学院第二附属医院（临床医学二系）成立于1981年，前身是建立于1951年的贵州省商业医院。医院位于贵阳市中心区域，是贵州省培养高级中医、中西医结合医疗人才的重要基地之一。经过28年的努力，已基本发展成为学科门类齐全、力量雄厚、设备先进，融医疗、教学、科研、预防和康复为一体的三级甲等中医院。

　　医院大力发展中西医结合预防和治疗疾病的优势，挂牌成立了“贵阳中医学院中西医结合医院”，成为“贵州省高等医学院校中西医结合医院临床教学基地”；曾多次举办全省“中西医结合治疗心血管疾病”、“中西结合治疗糖尿病”、“中西医结合诊疗呼吸病进展”等学术交流会及培训班；并为全省地、县级中医院培训中西医结合人才500余人，接收进修生350余人，为全省中医院培养了大量的中西医结合人才。由于成绩显著，近年来分别荣获 “全国卫生系统先进集体”等荣誉称号。2006年医院中西医结合临床专业成为省教育厅重点专业。2007年，医院成为第二批国家中医药管理局重点中西医结合医院建设单位。

　　医院现有编制床位700张，有国家级重点专科3个（肺病专科、内分泌专科、耳鼻咽喉科），省级重点专科6个（骨科、针灸、消化、中医妇科、神经内科、心血管内科）。临床科室21个，医技科室4个，中西医特色专科门诊19个。共有职工720人，专业技术人员592人。医院大力发展学科队伍建设，现有硕士生导师50余名，已形成博士、硕士、本科学历的合理梯队。

　　医院坚持“以病人为中心”和“以培养人才为中心”，一手抓医德医风建设、一手抓人才培养，在完成医疗工作的同时，还承担了学院每年8000余学时的理论教学任务和200余人次的临床实习，为国家培养了大批中医和中西医结合的医疗人才。医院还投入资金建立了HIS系统，实现临床电子病历书写，极大的提高临床医生工作效率，实现了医院管理的数字化、科学化。

　　近年来，医院获得省部级科技成果奖3个，获各级课题立项189项，其中国家级课题立项2项，省部级课题18项，厅局级93项。发表论文393篇，其中核心期刊105篇。医院将继续采取激励措施，落实《贵阳中医学院第二附属医院科研、教学奖励办法》，坚持开展临床科研方法讲座，积极鼓励广大医护人员积极参与科研研究，撰写科研论文。

　　在党中央持续加大西部大开发力度的背景下，医院亦将加大改革及建设力度，随着医技综合楼建成投入使用之后，医院进入快速发展的阶段，必将为贵州省的中医、中西医结合卫生事业作出更大的贡献。