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计算机学院起步于1958年，1966年成立全国第一个电子计算机系，1971年扩建成计算机系兼研究所，1999年成立计算机学院。学院下设计算机科学与技术系、网络工程系、计算机研究所、软件研究所、微电子与微处理器研究所、网络与信息安全研究所、并行与分布处理国家重点实验室和银河计算机工厂。
学院从1981年取得计算机组织与系统结构学科的博士授予权开始，先后建立了8个二级学科博士点、9个二级学科硕士点。涉及5个一级学科、9个二级学科，初步形成以计算机科学与技术一级学科为核心，以工学为主，理工结合的学科布局。其中“计算机科学与技术”学科，在2002年和2006年全国一级学科整体水平评估排名第一和第二；“计算机系统结构”成为国家首批重点学科；“计算机软件与理论”和“计算机应用技术”相继成为国家重点学科；“计算机科学与技术”学科成为国家首批一级重点学院。“微电子学与固体电子学”成为国家重点培育学科。为国家培养了大批计算机高级专业人才，其中博士近400人，硕士2000余人。在国家5次教学成果评奖中，学院获得特等奖1次，一等奖2次，二等奖1次。“计算机体系结构”、“软件工程”、“编译原理”、“计算机网络”、“计算机原理”和“操作系统”6门课程被评为“国家级精品课程”。《计算机前沿领域的研究》获全国图书一等奖，《编译原理》获国家优秀教材一等奖，《并行算法》获第七届中国图书奖。
学院技术力量雄厚，现有教职工800多人，其中两院院士2人，高级专业技术职务200多人，在岗博士生导师40多人，硕士生导师100多人，具有博士学位的150余人，具有硕士以上学位（含）的近300人。先后涌现出“何梁何利”奖获得者3人，国家级有突出贡献的中青年专家10人，享受政府特殊津贴64人，进入国家“百千万工程”人才库6人，中国青年科技奖获得者4人，国家杰出青年基金获得者4人，全国优秀教师2人，全国高等学校优秀骨干教师1人，“求是”奖获得者4人，全国百篇优秀博士论文获得者3人，进入教育部跨世纪优秀人才培养计划2人，进入教育部新世纪优秀人才支持计划5人，有突出贡献中青年专家10人，有30多人次在国家学位委员会学科评议组、国家教育部教育指导委员会、国家自然科学基金委项目、国家973计划、国家863计划等国家重要学术机构中任职。
学院拥有“高性能计算”、“高性能微处理器”2个国家级科技创新团队和“计算机科学与技术专业课程”国家级教学团队。2004年，教育部985二期工程给予支持，建设“高性能计算科技创新平台”和“微电子科技创新平台”；2006年“高性能计算”创新团队又获得国家自然科学基金委创新研究群体研究基金资助。
在几十年的巨型机研制过程中，学院逐渐形成了以高性能计算为龙头，大规模集成电路设计、网络与通信、自主安全基础软件、信息安全与网络攻防等重点科研方向协调发展的局面，取得了以银河系列巨型机、银河飞腾系列微处理器和DSP芯片、银河玉衡核心路由器、银河麒麟操作系统等为代表的多项科研成果，共获部委级三等奖以上科技进步奖500多项，其中国防科技成果特等奖1项、国家发明二等奖1项、国家科技进步一等奖6项、二等奖13项、部委级科技进步一等奖82项、二等奖151项。
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