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本专业于2003年获得硕士学位授予权。现有导师6人，其中教授4人，博士生导师1人，副教授2人，具有博士学位的教师3人，学科负责人为贾英民教授。主要骨干教师均进入国内高层学术圈，与国际同行有着紧密的交流与合作，在国际上享有较好的学术声誉。共招收硕士研究生15人。
发酵工程是建立在细胞纯培养技术基础上，通过操纵遗传物质、调控细胞代谢关键酶和利用现代生物化工大分子分离纯化技术及其相应的现代装备，实现细胞的大规模培养以便获得各种生理活性物质的一门前沿生物高技术学科。它不仅涵盖细胞分离培养、高产突变体的诱变育种、关键酶的代谢调控、生物大分子纯化制备、目标产物的分子修饰、基因体外重组以及转基因工程菌与细胞株的高密度培养等一系列生物工程基础高新技术，而且直接服务于国民经济。发酵工程是生物工程的核心技术，也是医药生物工程和农业生物工程实现产业化的桥梁，具有广阔的发展前景。结合我省经济建设，社会发展和走新型工业化道路的实际需要，根据发酵工程学自身学科特点和本学科已有的优势，学科设有酶工程技术及应用、工业微生物技术及应用、现代生物制药技术三个研究方向。
目前承担各类课题12项，其中省重大重点、省基金以及国际合作等课题5项。获得课题经费110多万元。获得省（部）级科技进步奖5项，出版学术专著4部，教材（教师用书）2部。在国内外重要学术刊物上发表学术论文30多篇。经过近三年的投入和建设，学科拥有较好的实验设备和条件，为高水平的科学研究提供有力的保障。
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