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计算机科学技术系创建于1979年，是国内较早成立的同类系科，在全国师范类院校中最早成立。我系的系统分析与集成专业有博士、硕士学位授予权，计算机软件与理论、计算机应用技术专业有硕士学位授予权。该系本科专业为计算机科学与技术，学制为四年。目前在校的本科生近900人，硕士研究生、博士研究生90余人。计算机科学技术系的毕业生分布在国内的省、部级研究院（所）、高等院校、国家机关、银行证券及著名计算机技术公司从事开发、研究、技术支持等工作。毕业生中已有相当一部分人成为博士生导师、教授、高级工程师、公司总经理及政府部门的负责人，为国家信息技术事业的发展做出了贡献。
系统分析与集成专业博士点是我国在这个专业中最早建立的博士点之一。博士点现有教授7人，其中博士生导师6人，副教授2人，讲师1人。博士点自成立以来，承担了多项国家自然科学基金项目、上海市科委和地方企业的项目。在多个领域取得重大科研成果。
计算机软件与理论硕士点成立于1986年，现有教授5人，副教授5人，他们承担大量的本科、硕士生的教学工作，有多位教师获“曾宪梓教育基金优秀教师奖”、“上海市优秀青年教师”和“上海市育才奖”光荣称号。多年来该室教师在科学研究领域中做了大量工作，编写并出版了一批优秀的教材和学术论著，还承接和完成了多项国内外科研项目，并多次获奖，取得了较好的经济效益和重大科研成果。
计算机应用技术硕士点成立于1981年，现有教授6人，副教授12人。该硕士点下有系统结构、应用软件、网络与通讯技术、多媒体与协同技术研究所等多个教学科研单位。多年来该点上的教师在本科教学和硕士生培养方面成绩显著。编写并出版了一批优秀的教材和学术论著。有多名教师荣获各类教学成果奖和“上海市优秀青年教师”等光荣称号。在科研上承接了多项国家和省市级科研项目，并多次获奖。在国际合作项目和横向项目以及研究开发的多项高科技产品，为国民经济的发展做出了贡献，获得了较大的经济效益。
目前，计算机科学技术系在学校的大力支持下正在申请系统科学一级学科博士点，计算机软件与理论学科博士点，计算机系统结构硕士点已获批准。现正积极准备、努力工作、引进人才力争继续申请计算机应用技术博士点乃至申请计算机科学技术一级学科博士点。
计算机科学技术系积极面对硕士生、本科生招生规模扩大的形势，努力改变教育观念，提高教学质量。在完善研究生管理的基础上修订了各学科的研究生培养方案，更加注重创新能力和实践能力的培养。通过对ACM/IEEE的CC2001计算教程的研讨，重新制定计算机科学与技术专业本科生的教学计划和各门课程的课程简介以及教学大纲，在更新教学内容、开展双语教学、多媒体教学和提高实践和动手能力培养等方面做了重大的调整。
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