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1909 年，晚清邮传部上海高等实业学堂（上海交大前身）开设船政科（航海专科），首开中国近代高等航运教育之先河。国际航运系成立于 1995 年，设有交通运输（国际航运）本科专业、交通运输工程一级学科硕士点、交通运输工程全日制专业硕士学位点以及物流工程、交通运输工程、项目管理三个工程硕士领域。主要研究方向有航运与物流管理、运输系统规划与管理、交通安全、交通基础设施建设与管理等，学科定位是以航运为特色的综合交通运输。重视创新性人才培养体系建设，为国内外航运、物流、交通等相关企业、科研机构和政府机关培养了一批高素质的技术与管理人才。近三年的大致就业去向为：外资企业、中外合资企业、国内港航企业。其中，有近15%的本科毕业生在国内外攻读硕士学位。该专业目前的主要研究方向为：水运系统技术经济分析、航运系统规划、多式联运与信息化、现代航运物流理论与实践、管理现代化等。该专业的培养目标是：德、智、体全面发展，具有从事航运规划与管理、国际船务、货运代理、国际贸易、船舶贸易与经营、经济预测和海事纠纷审理等方面工作的能力，能开展与国际航运有关的经济、管理和法律等领域研究的高级专门人才。
主要课程有：国际贸易实务，船舶贸易与经营，船舶原理，微观经济学，班轮与租船运输，海商法，集装箱运输技术，国际多式联运，航运电子商务，航运管理，管理信息系统，工程经济学，预测与决策和物流学等。
学生毕业后可从事国际船舶代理、货运代理、航运管理、船舶贸易与经营、海上保险和海事仲裁以及与国际航运与物流有关的经济、管理和法律方面的工作和教学科研工作。
系主任：胡昊（兼）。 系主任助理：史小宁
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