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渔业学院、海运学院组建于2006年，2009年更名为水产学院、海运学院，办学历史可追溯至1958年。现有教职工52名，其中高级职称19名，博士6名。学院有1个捕捞学硕士学位授予点、2个农业推广硕士（渔业领域、养殖）国家特色专业建设点；海洋渔业科学与技术、水产养殖学、农业资源与环境、轮机工程、航海技术5个本科专业、轮机工程技术1个高职专业，其中水产是一级学科重点学科，海洋渔业科学与技术是浙江省重中之重学科。全日制在校本专科学生1046名、硕士研究生54名。
学院下设三所五系七室，即渔业科学、航海技术，渔业资源与环境3个研究所；海洋渔业、资源与环境、水产养殖、航海和轮机5个系；综合办公室、学生工作办公室及海洋渔业、水产养殖、渔业资源与环境、航海技术和轮机工程等实验室。
学院坚持“海纳百川，自强不息”的校训精神，突出海洋办学特色，注重专业建设与学科建设，不断提高人才培养质量，综合实力不断增强。五十年来，经过几代人的努力奋斗，学科专业不断发展壮大，拥有一批先进的科学仪器设备，形成了一支良好的学术梯队，具有较强的科研能力，取得一大批科研成果，逐步形成了鲜明的特色，培养了一大批高素质的专门人才，为浙江省乃至全国海洋事业发展做出了重要贡献。
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