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南京农业大学动物医学院前身为东南大学畜牧兽医系，创立于1921年，是我国最早的畜牧兽医系之一。东南大学后改名为中央大学，解放后更名为南京大学。1952年全国院系调整时组建南京农学院畜牧兽医系，分设畜牧、兽医两个专业。1984，南京农业大学成立，分设畜牧系和兽医系。1994，撤系建院成立动物医学院。
动物医学院为国务院学位委员会兽医学科评议组第一召集人任职单位，为全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处挂靠单位和主任委员任职单位。1998年获兽医一级学科博士学位授予权。现有1个博士后流动站，4个博士学位点和3个硕士点， 2个部级开放实验室和1个部级创新中心。兽医学一级学科为国家重点学科。2005年，动物医学专业被评为江苏省品牌专业。“动物健康与卫生”为“211工程”建设项目。
动物医学院师资力量雄厚，学科齐全，拥有一支学术水平较高、锐意进取、年龄结构合理的学术梯队。现有教职工84名，其中教授25名，副教授、副研究员、高级兽医师、高级实验师22名，讲师、实验师28名。具有博士学位者48名，硕士学位者20名，其中博士生指导教师24名，硕士生指导教师38名。40岁以下教师均具有硕士和博士学位。
学院下设三个系，即基础兽医学系、预防兽医学系和临床兽医学系。基础兽医学为国家级重点学科，有生理生化农业部重点开放实验室。设有动物解剖学、动物组织胚胎学、动物生理学、动物生物化学、兽医药理学和兽医病理学等学科组；预防兽医学为国家级重点学科，有动物疫病诊断与免疫农业部重点开放实验室和农业部动物疫病高技术创新中心，下设兽医微生物学、家畜传染病学和家畜寄生虫学等学科组；临床兽医学为国家级重点学科，设有兽医内科学、兽医外产科学、中兽医学等学科组。动物医学院附设《畜牧与兽医》编辑部、动物医院、实验动物中心、动物药厂和40个校外教学实习基地。
《畜牧与兽医》是南京农业大学动物医学院与动物科技学院合办的全国性专业核心期刊，创刊于1949年，在国内外有较高的声誉。
动物医学院承担了多项“973”、“863”、公益性行业专项、转基因重大专项、国家支撑计划等国家级重大项目和多项部、省、市科研项目和国际合作项目。每年平均在核心期刊上发表高质量的科研论文200多篇，其中SCI收录近60篇。在猪链球菌、嗜水气单胞菌等细菌病，圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症、猪乙型脑炎等病毒病，消化道线虫病、球虫病以及动物细胞因子、营养生理生化及调控、分子神经内分泌、功能基因表达及调控、细胞生物学、免疫病理、新兽药创制、畜禽营养代谢及中毒病、畜禽骨骼与关节疾病、中西兽医结合及鱼病等方面的研究达到了国内领先或国际先进水平，取得了显著成果，其中，“猪链球菌病研究及防控技术”获2007年度国家科技进步2等奖，为国家经济建设和社会发展作出了重大贡献。
80多年来，学院为国家培养了4800多名本科生和研究生，为我国的畜牧兽医事业作出显著成绩，其中有许多已成为国内外著名的专家、教授、学者和学术骨干。目前，学院获全国优秀博士论文1篇；获全国优秀博士学位论文提名2篇。学院在国内同类学院中处于领先地位，在国际上也享有较高的声誉。
目前动物医学院在校学生共有1700多人。其中本科生828人，硕士生444多人，博士生131多人（外国留学研究生15人），专业学位博士生和硕士生157人，博士后研究人员2人。为了奖励德、智、体全面发展的优秀本科生、研究生，除国家和校级各项奖学金外，学院还设立了“罗清生奖学金”、 “恒丰强奖学金”、 “辉瑞普强奖学金”、“六和奖学金”、“勃林格殷格翰奖学金”、“中牧富道奖学金”、“南农高科奖学金”、“仕必得奖学金”、“齐鲁动物保健奖学金”、“国龙奖学金”、“禾丰奖学金”、“上海农场奖学金”、“好收成奖助学金”、“台湾信元奖学金”等近十多项奖学金，最高奖金每人达8000元。
改革开放以来，学院加强了国际学术交流。近5年来，我院教师先后有近100人次到国外进修，攻读博士学位、考察、合作科研，与德国汉诺威兽医学院建立了校际关系，并与美国、日本、加拿大、丹麦、澳大利亚、英国、西班牙等国和台湾地区的有关学校、研究机构经常进行互访，国际学术交流活跃。此外，学院每年吸纳大量留学生前来学习深造，还先后举办了近20期国际兽医针灸与中药培训班，培养了来自日本、美国、加拿大、德国、瑞士、韩国、澳大利亚、爱尔兰、阿联酋和台湾、香港等国家和地区的200多名学员，为提高南京农业大学在国内外的影响和知名度作出了贡献。
学院现任副院长（主持工作）范红结教授，党委书记胡正平副研究员。副院长雷治海教授，副书记周振雷副教授。
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