交通运输学院的前身为上海海运学院水运管理系和国际航运系，是全国最早创建的交通运输管理类（水运管理）专业院系之一。积累了半个多世纪的人才培养与学术研究的丰厚经验，逐步发展成为中国从事交通运输（水运管理）专业教学与研究的主要基地。为了适应上海建设成为航运中心的更高要求，于2003年组建了交通运输学院。
学院拥有一支结构合理、实力雄厚的师资队伍，共有教师52名，其中教授10人（含博导6人），副教授18人。教师中已具有博士学位的25名，在读博士11人，占学院教师总数的74%。
该学院学科体系完整，培养层次齐全分明。其中交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市教委批准为国家重点（培育）学科和上海市教委重点学科。交通运输学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，在校博士生达20余名；交通运输工程与交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流工程与物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，共培养在读硕士研究生500余名；交通运输、航运管理、物流管理、交通工程四个本科专业，在读学生2000余人，其中交通运输、国际航运管理为学校的特色专业，早在1986年被上海市确认为重点学科，目前除交通工程专业，我院其他专业在招生时均列入第一批高校本科招生，深受社会青睐。
学院非常重视企校合作和理论联系实际，大力开展科学研究，建有数字物流综合实验中心、模拟实验室等实践基地，年科研经费达到600多万元。学院早在1983年就与亚太经社会合作培养航运经济研究生班。近年又与世界海事大学、西澳大利亚大学合作培养研究生和留学生，与香港理工大学建立互换学者及学生的交流机制。
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