物理与机电工程学院组建于1999年7月，设有物理学系、机电工程系、航空系和萨本栋微纳米技术研究中心（原萨本栋微机电研究中心）。物理学系创办于1923年，机电工程系由国际近代著名的物理学家、卓越的电机工程学家、杰出的教育家、前校长萨本栋教授于1940年亲手创办，航空系于2008年复办。各系创建以来秉承“自强不息、止于至善”的校训，积极营造勤奋好学、善于思索、理论联系实际、勇于创新的学风氛围，培养了大量的优秀毕业生，包括两院院士谢希德、曾融生、闵桂荣、阙端麟、陈一坚、艾兴、张启先、许居衍，卫星测控专家上官世盘，国际著名传感器专家葛文勋，国际电网理论专家苏林翘，台湾新竹科技园创始人何宜慈，著名实业家、教育家邵建寅等。
学院以改革为动力、以学科建设为龙头、以教学科研为核心、以培养人才为目标，近年来取得了令人瞩目的成就。
◆学科建设成绩斐然
学院现有1个国家重点学科“凝聚态物理”，1个物理学博士后科研流动站，1个物理学一级学科博士学位授权点，4个工科二级学科博士点，13个硕士点，3个工程硕士点，6个本科专业，4个省级重点学科。
学院还拥有教育部微纳光电子材料与器件工程研究中心，福建省半导体材料及应用重点实验室，福建省等离子体与磁共振研究重点实验室，福建省半导体照明工程技术研究中心，福建省高校MEMS重点实验室，厦门市MEMS工程技术研究中心，厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心，厦门市创新方法（TRIZ）工程技术研究中心，厦门大学半导体光子学研究中心、理论物理与天体物理研究所、技术物理研究所、中国-澳大利亚功能纳米材料联合实验室、精密工程研究所、微纳米加工与检测技术联合实验室、非硅微纳系统制造技术研究所等科研平台。
◆师资力量坚实雄厚
学院汇集了一批优秀的中青年骨干教师，已形成了一个年龄结构合理、知识结构优化、学术气氛浓厚的教学科研群体。学院现有1位院士、2位双聘院士、1位中国青年科学家奖获得者、2位国家千人计划入选者、2位国家杰出青年科学基金获得者、1位国务院学科评议组成员、10位教育部新（跨）世纪优秀人才支持计划入选者，教授44人（博导23人），副教授44人，助理教授46人。老中青相结合的学术梯队筑成了学院发展的基石。雄厚的师资力量亦铸就了一流的教学质量，学院老师在教学上曾获得精品课程、优质硕士学位课、教学成果奖等多种奖项。
◆科学研究极具潜力
学院根据自身学科特点，紧密围绕经济建设发展的需要，致力于高、新、特的项目研究，注重与厦门特区、高科技企业开展产学研联合攻关项目，为地方发展服务。学院现有“985工程”二期“光电信息材料与器件”科技创新平台。学院近五年来承担着国家863和973计划、国家科技支撑计划、国家杰出青年基金、国家自然科学基金等各类项目150多项；每年发表200多篇学术论文，被SCI、EI等收录的论文达200篇次；获得多项专利，多项科研成果荣获教育部和福建省的科技奖励，部分成果实现产业化，已初步形成基础研究与应用开发相结合的产学研一体化格局。
◆人才培养颇具成效
基于自然科学基础学科，面向工程技术应用，发挥理工结合优势，学院努力培养具有创新能力的研究与应用型人才，现有本科生1492人、硕士生334人、博士生93人。学院积极引导学生参与各类学术竞赛活动，近五年来共有40余名学生分别获得了全国大学生建昊奖学金、中国仪器仪表特等奖、“挑战杯”全国大学生创业计划竞赛金奖和银奖、全国大学生数学建模竞赛特等奖等奖项。
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