学院(原基础部)始建于1960年。学院现设十个学系（细胞生物学系、人体解剖与组织胚胎学系、神经生物学系、病原生物学系、生理学与病理生理学系、免疫学系、生物化学与分子生物学系、病理学、药理学系和实验动物学系）；一个教学实验中心下设四个实验室（形态学实验室、机能学实验室、病原学与免疫学实验室和细胞与生物化学实验室）；三个研究所（神经科学研究所、疼痛生物医学研究所和低氧医学研究所）以及生殖医学研究中心、脑功能影像研究中心及临床病理中心。
学院现有教职员工223人，其中教授34人、副教授27人、讲师74人。教师中拥有博士学位75人、硕士学位74人。全院现有博士生指导教师14人（不含兼职）、硕导38人。
学院共有六个二级学科博士授予权点（细胞生物学、解剖学与组织胚胎学、神经生物学、病原生物学、生理学、免疫学）；两个一级学科硕士点（生物学、基础医学）；一个国家重点学科（神经生物学）；四个北京市重点学科（生理学、细胞生物学、病原生物学、人体解剖与组织胚胎学）和四个北京市重点建设学科（病理学与病理生理学、免疫学、生物化学与分子生物学、动物学）。隶属于细胞生物学系的“肝脏保护与再生调节实验室”和神经生物学系的“神经再生修复研究实验室”为北京市重点实验室。
学院承担了培养各种学制（三、四、五、七年）、各种专业(临床医学、口腔医学、预防医学、护理学、医学实验学、康复治疗学、药学、中医学、中药学、生物医学工程、假肢矫形工程、公共卫生事业管理以及儿科学、医学检验学等)、各种层次(专科、本科、七年制、研究生)和各种形式（全日制、夜大学）的基础医学教学工作。在教学改革、教材建设、课程建设、教学研究等方面成果显著，有四门课程获批市级精品课程，四门课程获批校级精品课程。
学院倡导科研强院之风，坚持学术兴院之路。在全院教职员工的共同努力下，承担的科研课题数目明显增多，科研水平有了显著提高。近4年来全院共承担市级以上各类课题111项，其中国家重点基础研究发展计划（973计划）和国家高技术研究发展计划（863计划）项目共7项，国家自然基金等国家级课题49项，北京市自然基金及其他北京市级课题55项。近4年共发表SCI收录研究论文99篇。
基础医学院全体教师正以饱满的热情，团结一致，齐心协力，求真务实，自主创新，为实现“国内一流、国际知名”的目标而努力。
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