理学院成立于1994年，现设有数学系、应用物理系、物理实验中心、数理研究中心、计算数学与应用数学研究所和光电技术与应用光学研究所。设有信息与计算科学、应用物理学和光信息科学与技术3个本科专业，其中信息与计算科学专业是江苏省高等学校特色专业。
数学系拥有数学一级学科和系统科学一级学科硕士学科点，涵盖基础数学、计算数学、应用数学、概率统计、运筹学与控制论、系统理论、系统分析与集成等7个二级学科，并与我校航空宇航学院的力学博士学科点和经济与管理学院的管理科学与工程博士学科点联合培养博士生。同时设有大规模科学工程计算实验室和数学建模开放实验室。
前国务院副总理李岚清参观我院大学物理实验中心
应用物理系拥有物理学博士后科研流动站、光学工程一级学科和凝聚态物理二级学科博士学科点，以及物理学一级学科、光学工程一级学科、物理电子学二级学科硕士学科点和工程硕士光学工程专业领域学位授予权。其中物理学一级学科点涵盖理论物理、粒子物理与核物理、原子与分子物理、等离子物理、凝聚态物理、声学、光学、无线电物理等8个二级学科，无线电物理为国防科工委的紧缺学科。同时设有光信息科学与技术实验室、光谱与光谱分析研究实验室、光测技术和信息处理研究实验室、凝聚态物理研究实验室和纳米材料计算研究实验室。
物理实验中心前身为是1952年建校初期筹建的普通物理实验室。现由大学物理实验室、近代物理实验室、应用物理实验室、演示物理实验室4个实验室组成。现为江苏省高等学校实验教学示范中心。中心现有使用面积3500平方米，仪器设备2900台套，开设了从基本仪器操作训练到先进实验技术训练，从基础物理实验到现代物理实验和专业实验的课程中心实行网络化、开放式的教学管理，采用先进的实验技术，使学生通过实验能够接触到现代科技技术。
诺贝尔奖获得者丁肇中教授获聘我校名誉教授
理学院师资力量雄厚，有一支知识结构和年龄结构合理的师资队伍。目前全院在编教师中有教授22人，副教授37人，讲师37人，其中特聘教授3人，博士生导师9人，硕士生导师30人。师资队伍中有9人次获“全国优秀教师”、“国防科工委优秀教师”、“江苏省教学名师奖”、“江苏省红杉树园丁奖”、“江苏省优秀教育工作者”、“江苏省优秀研究生导师”等国家、部省级表彰，8人入选省部级人才工程。
目前，理学院在校本科生540余人，硕士研究生200余人，博士研究生20余人。学院十分重视培养学生的全面素质、创新精神和创造能力，努力适应国民经济建设和复合型人才的需求。
理学院治学严谨、教学成果显著。近年来，出版教材和著作20多部，获省级教学优秀成果奖6项，其中一等奖2项。“物理与艺术”被评为国家级精品课程，“高等数学”、“大学物理”被评为江苏省精品课程。学院积极承担各类竞赛的组织辅导工作，在“全国大学生数学建模竞赛”、“江苏省非数学类大学生高等数学竞赛”和“江苏省大学生物理及实验科技作品创新竞赛”中，我校成绩在江苏省一直名列前茅。
理学院在基础研究，尤其是计算数学、应用数学、基础数学、运筹学、理论物理、凝聚态物理、激光技术和光学工程等方面的研究具有鲜明的特色。近年来，理学院承担了国家自然科学基金、国防预研基金、航空科学基金、江苏省自然科学基金等资助项目70余项，获国家、省部级科研成果奖20余项，在国内外重要学术刊物上发表学术论文1000多篇。
理学院重视技术开发工作。几年来研制了柴油机监控仪、真空速计算机、高精度智能压力传感器等高新技术产品，在国防和经济建设中得到应用；开发的多功能位移测量仪、动态杨氏模量测量仪、多功能气垫摆、导热系数测量的温度控制和显示等实验仪器应用于实验教学中，取得很好的效果。
理学院十分重视国内外学术交流与合作。多次举办或合作举办国内外学术会议，经常选派优秀教师到国内外进修、访问和讲学，并邀请国内外有关专家和教授来校讲学和合作交流，聘请了国内外名誉教授、兼职教授和客座教授10余名。
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