清华大学经济系始建于1926年，1928年起由中国经济学一代宗师陈岱孙教授担任系主任。1952年中国高校院系调整时经济系并入其它院校，1984年恢复，属于经济管理学院中的一个系。目前经济系有特聘教授15人，全职教授7人、副教授6人、讲师6人。全职教师中博士生导师5人、具有博士学位者12人。现已建成西方经济学、数量经济学、政治经济学3个硕士点、数量经济学博士点和数量经济学国家重点学科，并可招收博士后研究人员。
经济系提供宽口径定义的经济学专业，它涵盖经济学学科门类中几乎所有领域，包括政治经济学、微观经济学、宏观经济学、数量经济学、财政学、金融学、产业经济学、国际经济学等等。在这方面，她不同于国内其他大学经济学院中的经济系，而与许多世界一流大学中的经济系相一致。目前经济系的规模较小，她的目标是小而精，追求质量，致力于培养经济学科的精英人才。
经济系主要为国家经济管理部门、银行与非银行金融机构、大型企业集团、大型进出口公司等培养经济分析人才，也为经济研究机构和高等院校培养经济研究人才和师资。从80年代初起，即挂靠其他专业培养硕士研究生，1994年第一批获得经济学硕士学位的硕士研究生毕业，1999年第一批获得经济学博士学位的博士研究生毕业。本科生曾于1983、1985、1987、1988年按照国民经济管理专业招收四届，1997年改为经济学专业，正式连续招生。并采取四年本科+两年硕士的培养模式，三分之二左右学生可以通过免试推荐的方式直接进入硕士研究生阶段，其中优秀者可以直接进入博士研究生阶段。从2002年开始，经济管理学院按学院招生，第一、二年执行统一的教学计划，有志于学习经济学的学生从三年级起进入经济学专业。
为了加快经济系的建设与发展，将经济系建设成为中国乃至亚洲大学中最好的经济系之一，清华大学经济管理学院决定将经济系做较大扩充，于2002年4月正式聘请15名海外教授担任经济系特聘教授。这些特聘教授均取得北美大学的经济学博士学位，均在海外有博士项目的研究型大学经济系或商学院任教至少九年，并具有教授或副教授职称。他们每人每年在清华讲授一门现代经济学课程，这些大都是他们在海外研究型大学目前正在讲授或曾经讲授的课程。特聘教授们作为经济系教师队伍的正式成员，与全职教师融为一体，共同建设经济系，开展既与国际接轨、又结合中国实际的经济学教学和研究活动。这是经济系发展中的一个重大举措，受到海内外的广泛关注。除了这15位特聘教授，另外9位特聘教授加盟与经济系密切相关的金融系。特聘教授们的到来大大推动了经济学科在清华的建设和发展。
从2002年秋季学期开始，经济系对现有的经济学本科生和研究生的培养方案进行整体修订，并开始实施，以实现与世界一流大学经济系培养模式的接轨。加强本科生的数学基础，课程包括数学分析（I、II）、线性代数（I、II）、概率论、数理统计和优化方法等。在重视教育部经济学科教学指导委员会制定的核心课程教 学的同时，强化包括经济学原理（I、II）、中级微观经济学、中级宏观经济学和计量经济学的现代经济学的核心课程。研究生的现代经济学的核心课程包括高级微观经济学（I、II）、高级宏观经济学（I、II）和高级计量经济学（I、II），其目的是培养具有现代经济学坚实的基础理论和系统的专门知识的高级人才。
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