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基础医学部是我院较早设立的教学管理机构，成立于1985年3月。其前身为基础部，负责全院公共基础课和专业基础课教学管理等工作。随着学院办学规模扩大及教学管理机构调整，后更名为基础医学部，下属6个教研室，两个实验中心，共有教职工140人，负责基础医学相关课程的教学管理、科研管理、师资培养、研究生教育管理等工作。教师中有教授13人，副教授34人，高级实验师8人，讲师72人，其中博士17人，硕士86人，享受国务院政府特殊津贴、安徽省政府特殊津贴各1人，安徽省学术和技术带头人2人，安徽省学术和技术带头人后备人选3人。经过多年的努力，逐步形成一支年龄、学缘结构合理，学术水平较高，师德高尚的师资队伍。
教师队伍认真学习高等教育理论，教学理念先进，实践“以学生为主体，以教师为主导，以网络为场所”的教学新模式，在教学活动中尝试PBL、CBL及RBL教学方法，积极开展教学研究，教育教学质量工程建设成绩显著。现有省级精品课程4门，校级精品课程2门，省级基础课教学示范中心2个，省级教学名师1人，校级教学名师2人，省级教坛新秀1人，校级教坛新秀2人，近五年来，承担省级教学研究项目 8项，其中重点项目2项，校级教学研究项目15项。研究内容涉及到课程建设、实验中心建设、教材建设、双语教学、现代教育技术应用及教学方法改革等；发表教学论文89篇，编写教材20余部，获省级教学成果一等奖 2项，二等奖2项，三等奖1项，获安徽省教学多媒体软件竞赛二等奖 3项。
基础医学为一级学科硕士学位授权点，下属三个二级学科招收硕士研究生，分别是人体解剖学与组织胚胎学，病理学与病理生理学及病原生物学。病原生物学为省级重点学科，生理学、人体解剖学、医学寄生虫学为校级重点学科。学术队伍具有创新意识和团队精神。近五年来，承担国家973项目子课题4项，国家自然科学基金3项，省自然科学基金 2项，教育厅自然科学基金重点项目5项，教育部科学技术研究重点资助项目1项，发表学术论文120余篇，其中SCI收录论文30篇，获得安徽省科技进步三等奖2项，出版专著11部，取得专利3项，培养硕士研究生69名；学术影响不断扩大，先后与美国堪萨斯州立大学、德雷塞尔大学、美国NIH、泰国、韩国及中科院生物物理所等国内外科研机构建立了稳定的学术交流关系。
基础医学部党总支和行政注重发挥党总支政治核心作用，同时发挥党支部的战斗堡垒作用及共产党员的先锋模范作用，不断加强制度建设和师德师风建设，近几年涌现出一批先进模范教师，其中有安徽省优秀教师1人，安徽省优秀共产党员1人，安徽省优秀德育工作者1人，学校优秀教师 6人，学校优秀党员4人，优秀党务工作者1人。广大教师积极投身党的教育事业，努力做到“爱岗敬业、关爱学生，刻苦钻研、严谨笃学，勇于创新、奋发进取，淡泊名利、志存高远”。
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