应用物理系成立于2001年，下设应用物理教研室，凝聚态物理研究所，理论物理研究所，大学物理实验室、应用物理专业实验室。近年来，应用物理系逐步发展壮大，己经形成了涵盖物理科学与技术领域的多个学科点。应用物理系拥有一支学术水平高、有丰富教学经验和科学研究经验、勇于奉献的师资队伍，全系教师32人，其中教授5人，副教授9人，中级职称教师10人，教师中获得博士学位9人，获得硕士学位15人，另有6人在职攻读博士、硕士学位。
应用物理系现有应用物理学1个本科生专业，凝聚态物理、物理电子学2个硕士点和1个实验中心，凝聚态物理、理论物理2个研究所。
应用物理系教师始终坚持以教学为中心，加强实践能力培养的办学特色，重视培养学生的创新精神和动手能力的培养。应用物理系面向全校的理工科、文科、经管类专业本科生开设《大学物理》、《大学物理实验》公共基础课，应用物理学本科专业的《力学》、《热学》、《电磁学》、《光学》、《数学物理方法》、《热力学和统计物理学》、《电动力学》、《量子力学》、《固体物理》等课程，以及全校硕士生、博士生的部分课程和凝聚态物理、物理电子学专业硕士生的课程。
实验中心使用面积达4017平方米，仪器设备总值达800万元。开设大学物理实验，及力学、热学、电磁学、光学、近代物理、微电子等专业实验课程。
应用物理系教师教学经验丰富，治学态度严谨，近几年一批中青年骨干教师已脱颖而出，成为我系的教学骨干力量并有一定的科研能力。主要研究方向有：纳米结构与团簇物理、磁性材料与强关联新型功能材料、复合材料、量子信息与量子计算、复合材料、凝聚态体系的计算和模拟、生物神经系统、非线性物理、导波光学与光纤通讯技术、现代通信信号分析、光纤传感器、固体微结构与光电性能、量子光通信、固体微结构与光电性能等，近3年获得国家自然基金、西部理论物理专项、教育部青年基金共7项、甘肃省自然基金等项目共8项、校级项目15项、获国家专利授权4项、高校科技进步奖3项、甘肃省教学成果厅级奖2项，发表论文210余篇，其中SCI、EI收录65篇。
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