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甘肃中医学院研究生教育始于1990年，自1992年我院针灸推拿学专业开始招生以来，现有中药学1个一级学科硕士学位授权点；针灸推拿学、中医骨伤科学、中医临床基础、中医内科学、中医外科学、中医诊断学、中医儿科学、中医妇科学、中医五官科学、中医基础理论、中医医史文献、方剂学、民族医学、中西医结合基础、中西医结合临床15个二级学科硕士学位授权点。2002年起与南京中医药大学联合培养中医儿科学博士研究生；学院2001年被增列为“具有毕业研究生同等学力的在职人员开展硕士学位授予教育工作和临床医学专业学位授予单位”，2008年被增列为“高等学校教师在职攻硕士学位”培养单位，2009年被甘肃省列为“新增博士学位授权立项建设单位”。截止目前，学院共招收全日制硕士研究生809人，毕业418人，授予硕士学位433人（含在职申请硕士学位），其中60余人考取了博士研究生。
学院有直属附属医院2所，非直属附属医院4所，随着研究生教育的不断发展，学院将不断加强临床基地建设力度，为研究生临床技能的培养提供有力支持。
在学院党委的正确领导下，全院师生秉承“勤奋、严谨、继承、创新”的校训，牢固树立“自强不息、争创一流”的理念，努力把学院建成为具有多层次中医药高级人才培养能力，学科特色鲜明，优势突出，综合实力较强的高等中医药院校。
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