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甘肃中医学院中西医结合系初建于2004年5月，2005年7月与临床医疗系合并，随着中西医结合专业招生规模的扩大，师资力量的增强，为进一步突出特色，加强专业建设，便于更规范化管理，于2008年5月 中西医结合系再次单独成立。
专业设置有中西医结合临床医学本科专业。下设中西医结合方法学、中西医结合临床两个教研室。在专业结构设置，课程课时安排和教学内容等方面确定了“中西医并重，优化课程设置，课程进度并行，涵盖必备知识，突出实用性。”的培养指导思想，将学生培养成为从事中西医临床医疗、保健等工作的应用型人才。中西医结合临床医学专业本科学生通过5年的系统教育，学生能够系统地掌握中西医基础理论、基本知识和基本技能，能熟练运用中西医两种方法和手段对临床常见病、多发病进行中医辨证施治和现代医学诊断治疗，具备初步的医学科研能力。甘肃中医学院从1996年开始招生中西结合专科学生，学制三年。于2001年开始招收中西医结合临床专业本科生，目前，中西医结合临床医学本科专业每年招生在100人至150人之间，在校本专业本科学生约650人左右。
所辖中西医结合临床学科，自2001年起开始招收硕士研究生，目前每年招生硕士研究生20名，在校研究生约60人左右。本学科所聘任的研究生导师中，汇集了裴正学、赵健雄、刘国安等甘肃省中西医结合学界之精英，学术水平高，成为甘肃中医学院最具活力的学科之一，多次被省教育厅确定为省级重点学科，学科带头人李应东博士为甘肃省“333”人才，甘肃省优秀专家，主持完成国家科技部攻关课题，并获省级科技进步奖三项。 全系现有专业课任课教师11名，其中具有副高职称以上的教师4名，中级职称5人，初级职称2人；拥有博士研究生学历的教师1名，硕士研究生学历的教师7名，系部专兼职管理人员9名。 中西医结合是中医和西医的理论知识与临床实践互相交叉、渗透、综合，逐步形成且不断发展的中、西医学的交叉学科或综合学科，也是一门新兴学科。中西医结合是在中国产生、发展，符合中国国情，独具中国特色的医学学科。中西医结合系在充满活力的新的领导班子的带领下围绕学科特点及特色正蓬勃向前发展
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