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昆明医学院健康研究所成立于1996年，以学科建设为龙头，选择了正在兴起的生育健康的社会医学研究、卫生改革与卫生资源配置利用研究、公共卫生危机的应对与预防研究三个主要方向，参与国际前沿的科研竞争。已成为上述三个方向的国际知名机构之一，培养出一批高素质人才。
健康研究所一贯重视人才培养和教学科研。2001年研究生教学模式荣获云南省高校教学成果一等奖及国家教育部教学成果二等奖。2004年国家教育部高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所组织对全国重点院校一级学科——公共管理的整体水平进行评估，结果显示：本所“整体水平”排序第9位。2006年中国科学评价中心发布的《中国研究生教育评价报告》显示，在44个具有社会医学与卫生事业管理专业硕士或博士授予点中，以本所为主要成员单位的昆明医学院社会医学与卫生事业管理学科点综合排名第6，并被评为全国社会医学与卫生事业管理专业9个优势学科之一。我所培养的研究生实际工作能力强，在日益激烈的求职竞争中脱颖而出，找到了理想的工作，并得到了用人单位的好评。
健康研究所多年来潜心科学研究，取得丰硕研究成果。曾在国内核心刊物上发表生育健康及健康社会科学的首篇论文。近五年在国家级出版社出版专著11部，其中一部获云南省优秀教材奖；发表学术论文百余篇，在国内首次招收上述方向研究生；多次出任联合国机构顾问及国家卫生部、国家计生委专家组成员；研究生课程建设得到北京大学以及泰国同道们的认同和赞誉，健康研究所教授应邀到北大为博士研究生讲学并获荣誉证书。本所被遴选为云南省“十五”、“十一五”重点建设学科；2007年被省社科规划办批准为“云南医疗改革与健康社会科学研究”社科建设基地。由于科研成果卓著，成功地争取到第6届亚洲太平洋地区社会科学与医学大会的主办权。健康研究所已成为泰国两所大学研究生教育合作机构，以及国家计生委科研所定点人才培养基地。本所积极承担国家重大项目，不断扩大交流与合作。近年承担了国际、国家级重大科研项目20个，如中国贫困农村生育健康国际合作项目，世界银行及中国卫生部妇幼卫生扶贫资金运作式研究，中国中西部计划生育优质服务示范工程项目，中国宫内节育器有效性和安全性的流行病学研究，现代数字医疗核心装备和关键技术研究（“863”项目），国家卫生部改善生育健康服务研究，欧洲联盟资助的以人为本艾滋相关保健服务项目，联合国人口基金与国家计生委合作参与性研究等，有效地促进了学院国际合作及对外交流，得到国际学术界、国际组织及国家卫生部、国家计生委的关注及赞誉。健康研究所已被遴选为世界卫生组织亚洲合作中心及世界银行亚洲合作单位。
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