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西南交通大学生命科学与工程学院属学校二级教学、科研管理机构。 2000年，西南交通大学隶属关系由铁道部划归教育部直属以后，学校积极拓展专业面，并以国家西部大开发战略和生物医药产业迅速发展为契机，依托西部生物资源和中药产业优势，在原化学教研室基础上设立了西南交通大学生物工程系。2002年，学校在峨嵋校区设立了西南交通大学药学院（筹）。2005年，西南交通大学生物工程系更名为西南交通大学生物工程学院。 2008年7月，根据学校学科优化与调整方案，生物工程学院与药学院（筹）合并组建西南交通大学生命科学与工程学院。
学院现有教职工87人，其中专任教师64人，实验技术人员16人。教授（11人）、副教授（34人）共45人，具有博士学位的教师占教师人数的40%，具有硕士以上学历教师占教师人数的85%以上。25%的教师具有国外学习或工作的经历。
学院现有生物工程、生物信息学、中药学和制药工程等四个本科专业，其中生物工程专业为四川省特色专业。学院与美国乔治亚州立大学、英国桑德兰大学设立有本科教育"2+2"培养方案。设有药学、中药学、化学工程与技术三个一级学科硕士点以及生物化学与分子生物学、微生物与生化药学、生物化工、生药学四个二级学科硕士学位授予点，生物工程和制药工程两个工程硕士培养领域。在校本科生1000余名，硕（博）研究生近200人。学院下设四个系（生物、生物工程、药学和化学化工），四个实验中心（生物、生物工程、药学、化学化工）和一个分析测试中心，四个研究所（中药学、应用化学、生物工程、生物化学与分子生物学）。实验室总面积约6000平方米，各种教学科研仪器设备1000余台套，仪器设备总资产合计约1600多万元。承担完成本学院及全校《工科化学》、《生命科学导论》等课程的理论和实验教学及科研任务。
学院弘扬"竢实扬华，自强不息"的交大精神，传承学校"严谨治学、严格要求"优良传统。以工科教育为背景，制药为主要特色，学科建设为龙头，人才培养为根本，教学质量为生命线，师资队伍建设为关键，强化优势和特色，产、学、研协调发展。培养宽口径、厚基础、重实践、综合素质高、创新能力强，具有强竞争能力的生命科学与工程领域高级科学技术与工程应用性复合人才。学院本科生升研率连续四年保持在35%以上，40余名同学保送至国内高级研究机构和著名大学攻读硕（博）研究生，20余名同学被国外知名大学录取攻读硕（博）研究生。
学院与美国、英国等国家或地区的国内外知名院校和研究机构、生产企业建立有广泛的交流或合作关系。现有生物技术与制药，中药（植物）资源与制药、化学制药、生物催化和有机合成、生物信息与分子进化、天然产物化学与生物活性、生物工程技术及设备、环境生物技术、生物活性和功能材料、应用化学与化学工程等10个主要研究方向。主持或承担包括国家自然科学基金、国家863、973、国家科技基础条件平台、四川省科技厅、省中医药管理局等国家和省部级项目以及横向各类项目百余项。累计到位经费1000余万元。学院全体师生在"围绕人才培养、凝练学科方向、加强队伍建设、发挥辐射作用、做强生命学科"工作思路指导下，为实现交通特色的多学科协调发展的高水平研究型大学的学校建设目标而努力奋斗。
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