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新疆医科大学基础医学院成立于1999年1月其前身为基础医学部。新疆医科大学的前身新疆医学院1956年建成开院时只设临床医学系，因此基础医学各教研室（组）直接归教务处管理。随着办学规模的不断扩大，1984年成立基础医学部，1998年新疆医学院、新疆中医学院合并成立新疆医科大学以后，1999年11月成立基础医学院。
学院目前下设人体解剖学科、组织胚胎学科、生理学科、细胞生物学与医学遗传学科、生物化学与分子生物学科、病理生理学科、病理解剖学科、微生物学科、免疫学科、寄生虫学科等10个学科。承担大学中医学院、公共卫生学院、药学院、研究生学院、国际教育学院等10所学院24个专业及专业方向的基础医学课程。
20世纪50年代学校基础医学70多名骨干教师和实验技术人员由中央卫生部直接从辽宁、山东、四川、湖南等十几个省市调集。为学校高起点办学和师资队伍的健康发展奠定了坚实的基础。现在职教师270多人，外聘专家2人。其中教授19人，副教授61人，博士生导师5人，硕士生导师45人。自治区名师2人，全国模范教师、优秀教师各1人。建院至今学院先后有9名教师享受国务院特殊津贴，8名教师获国家模范教师、优秀教师、劳动模范等称号。
近年来学院积极开展PBL、CBS等教学方法的改革，完成教改项目7项，发表教改论文21篇。主编国家级出版教材27本，参编国家级出版教材9本。多媒体教学自制课件达60％，其中4门课程课件荣获全国大赛优秀奖，并依此建立了信息资源共享平台，开展了网络教学。近半数教师能够为留学生全英语授课。有四门课程被评为自治区精品课程。
学院2001年初学校投资兴建基础医学实验教学楼，整合基础各学科实验技术资源成立基础医学实验教学中心，下设解剖、形态、机能和分子医学4个研究室其中包括数码互动实验室。实验室面积达5000余平方米。
2006年学院整合数十年来基础学科宝贵的教学标本，建成集直观教学和社会教育于一体的人体奥秘与健康展览馆。实验室积极开展开放性、设计性和大学生科研训练计划等项目，培养了学生的创新意识和动手能力。
学院生物化学既分子生物学实验室为自治区重点学科和重点实验室，其中分子生物学实验室2005年被批准为教育部省部共建重点实验室2005年引进美国和德国分子生物学资深专家2人，明显增强了学科实力。近两年通过日元贷款和省部共建项目筹集资金2500多万元，添置了DNA研究平台、蛋白质组分析系统、激光显微切割仪等大型设备，搭建了形态、机能和分子生物学实验技术平台，组建了基础医学科研中心。
自1981年始，学院有7个学科先后被批准为二级学科硕士学位授权点和1个一级学科硕士学位授权点。三年来培养了377位硕士研究生。2003年以来，学院承担国家自然科学科研课题6项，省部级科研课题13项，自治区教育厅科研项目2项，校级科研课题3项，共获科研经费190.00万元。获省部级科研奖2项，获厅局级科研奖1项，发表科研论文200多篇。
近年来与美国、德国、日本、法国等国家和中山大学、浙江大学、山东大学等建立稳定的学术交流和合作关系。
学院目前管理基础与临床医学专业的学生460多名，不断开拓学生管理工作和思想政治工作的新领域，在学校、自治区和全国组织开展的各项活动中频频获奖，2006年被评为自治区学生思想政治工作先进集体。
学院领导班子近年来发挥援疆干部多的优势，引进了先进的管理理念。初步形成了科学管理、民主管理的机制。探索了高校党建和教学科研工作紧密结合有效途径。2006年基础医学院党委被评为全国先进基层党组织。
基础医学院在研课题及研究方向：
●新疆维吾尔族糖尿病与HLA-DM相关性研究
●新疆维吾尔族妇女宫颈癌的分子病理学研究
●新疆维吾尔药分子机理的研究
●新疆哈萨克族食管癌的分子生物学研究
●新疆包虫DNA疫苗的研究
●戒毒免疫学治疗的研究
●细粒棘球绦虫终末宿主重组蛋白多价疫苗的构建和免疫保护性研究
●辛芷鼻敏胶囊对豚鼠变应性鼻炎药效机制的研究
●包虫细胞凋亡的诱导及其分子机制研究
●MAPKs信号转导机制在高温致神经管畸形中作用的研究
基础医学院特色与优势：
1、因材施教，厚基础，将新疆少数民族学生培养成合格的医师，预
防医师，药剂师和技师。
2、教师专业外语水平较高，留学生教学均采用英语授课。
3、紧密结合新疆特高发病和地方病进行研究。
4、有一定的国内、国际交流与合作基础。
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