水土保持与荒漠化防治学科的前身为原内蒙古林学院沙漠治理专业和水土保持专业。1960年8月，我国第一个沙漠治理专业在内蒙古林学院成立。1980年11月，成立沙漠治理系。1983年设立水土保持专业。1983年11月，成立沙漠治理研究所，与沙漠治理系合署办公。1985年，自治区教育厅与林业部人事教育司签订联合办学协议，对沙漠治理专业实行联合办学，面向“三北”地区招生，“八五”、“九五”期间，继续与林业部合办沙漠治理专业。1998年，在全国本科专业目录调整中，沙漠治理专业和水土保持专业合并为水土保持与荒漠化防治专业。
　　1984年开始招收研究生。1985年沙漠治理学科晋升为自治区级重点学科（专业）。1987年8月，获得水土保持（治沙）硕士学位授予权。2001年水土保持与荒漠化防治学科获得博士学位授予权。2005年，《治沙原理与技术》被授于内蒙古自治区首批“精品课程”，水土保持与荒漠化防治专业被授于内蒙古自治区首批“品牌专业”。2006年水土保持与荒漠化防治学科晋升为国家林业局重点学科。
　　1995年以沙漠治理学科为依托建立林业部重点开放性实验室——沙地生物资源保护和培育实验室。2003年建立内蒙古自治区沙地（沙漠）生态系统与生态工程重点实验室。1997年在巴盟磴口县建立了内蒙古农业大学乌兰布和沙漠教学实习基地（教师科研和博士硕士研究生教学科研基地）。2006年在中国林科院沙漠林业实验中心建立了本科教学实习基地。
　　经过四十多年的建设和发展，该学科现已形成了涵盖普通本科、后期本科、硕士研究生、博士研究生教育的“一条龙”综合教学体系和以沙漠治理研究所为依托的科学研究、科技服务体系，实现了“教学、科研、社会服务” 的一体化，初步构建成以水土保持与荒漠化防治专业为龙头，土地资源管理、资源环境与城乡规划管理专业为依托的学科群，具有鲜明的民族特色、地区特点和学科优势。

硕士研究生招生方向：

（ 1 ）荒漠化防治
（ 2 ）水土保持
（ 3 ）沙区植物资源保护与利用
（ 4 ）沙产业开发