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中医系成立于1971年11月。主要由北京中医药大学毕业的十余名支边教师和数名青海当地名医筹建，并创办了青海医学高等教育的一个新专业——中医学专业。1998年经学院和省教育厅的充分论证，批准创办了中西医结合专业（方向），并开始招收本科、专科和成人教育专科学生。2000年创办中药专业，2001年开始招收本科学生，该专业2006年9月划归药学系。2006年9月，申报了针灸推拿学专业；同时在中医学专业的框架下，申报了中医骨伤、全科医学两个专业方向。针灸推拿学专业和全科医学专业方向于2007年9月正式招生。中医系现有中医学、针灸推拿学两个专业及中西医结合临床、全科医学、中医骨伤三个中医专业方向，学制五年。2000年经国务院学位办审核并批准，我系“中西医结合临床”为硕士学位授权点，并于2001年9月开始招收研究生，共招收硕士研究生31名，已毕业17名。
中医系自成立至今招收学生35届，为国家培养合格中医药人才1500多名。其中近90余人考取了硕士研究生，10余人考取了博士研究生。目前中医系有在校本科生256名、硕士研究生13名、韩国留学生3名。
中医系现已形成了以本科教育为主，研究生教育为延伸，留学生教育为补充的多学科、多层次的综合性教育体系。
中医系现有教职工30名，专任教师19名。其中教授6名，副教授7名，讲师4名，助教2名。硕士研究生导师4名，具有硕士学位教师5名。享受国务院特殊津贴专家2名，“青海省名医”1 名，“青海青年五四奖章”获得者1名。
近几年来，共承担科研项目23项，其中国家级5项、省级7项、院级11项。由文绍敦教授主持的《藏医放血部位的厘定和层次解剖》获国家中医药管理局“中医药基础研究三等奖（部级）”。由李杰教授主持的《中医诊断学实践教学的改革与创新》获青海省教学成果一等奖。《中医学基础》为青海省省级精品课程及省级、院级重点课程；《中医内科学》为青海省省级重点课程及院级重点课程。发表论文130余篇，其中核心刊物59篇。共撰写、出版学术专著、教材、教参等10余部。
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