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1、主要研究方向
植物生态学：本方向立足武陵山区丰富的植物资源，开展种质资源与物种多样性、植物区系、濒危植物保育以及资源植物利用的生态学基础研究，阐明环境对植物的影响及植物对环境的适应和改造，为植物资源保护以及区域植物资源产业化开发提供科学依据。并已在苔藓植物生态、种质资源和区系以及资源植物发育与应用生态领域形成了鲜明特色。
动物生态学：本方向从植食性哺乳动物的觅食行为、食物营养组成、动植物的相互作用以及动物粪便的光谱特征等相关领域，重点开展动物行为生态学研究、动物营养生态学研究以及动物应用生态学研究工作，为动物资源保护与利用提供科学依据，在植食性小哺乳动物、家禽营养生态以及动物粪便的光谱学特征等研究方面形成了特色。
微生物生态学：本方向以极端环境微生物、污染微生物以及畜禽病源微生物为研究对象，研究微生物类群多样性、适应机制、生理生化特征、遗传和进化特点，以及资源的开发利用与微生物之间的相互关系和作用规律，已在极端环境的微生物区系生态与生物多样性、微生物对污染物的降解转化以及病源微生物和宿主之间的关系方面开始形成特色。
污染生态学：本方向利用青鳉、铜锈环棱螺等模型动物研究环境污染物的生态毒理效应，评价环境污染物的生态风险，为污染物的风险管理和污染环境生态修复提供科学依据。同时研究微生物对污染物的降解转化规律，探索利用微生物治理污染的新途径等，为进一步研究微生物与环境的相互关系，以及基于微生物学理论的环境生物技术研究奠定基础。
2、指导教师结构
现有导师22人，其中教授14人，副教授8人，其中博士13人；有享受国务院特殊津贴专家3人，省学科带头人和优秀中青年专家3人、青年骨干教师6人。
3、学科研究平台
本学科拥有“植物资源保护与利用湖南省高校重点实验室”、 “南方喀斯特草地生态系统”湖南省研究生培养创新基地、吉首大学生态研究所、“植物资源开发与利用”湖南省产学研基合作示范基地、“中药与天然药物”湖南省产学研合作示范基地，拥有省部共建实验室5个，仪器设备总值1500多万元。
4、科研成就
近五年来，共承担了国家自然科学基金项目6项，湖南省自科基金9项，省科技计划项目12项，湖南省教育厅项目20项，横向合作项目15项，总经费800余万元。发表学术论文300余篇，其中SCI论文30余篇，出版著作和教材10余部。获得各级科技进步奖及鉴定成果9项，并有4项成果进行了转让和技术推广。
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