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园艺与植物保护学院是2006年9月学校根据学科建设与发展需要组建而成的二级学院，其办学历史最早可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年原江苏农学院调整设立植物保护、果树、蔬菜专业，1982年在全国农业院校中最早将果树、蔬菜专业合并为园艺专业，1987年增设观赏园艺专业。学院现有植物保护、生态学、园艺、园林4个本科专业和植物保护（农用化学品工艺与营销）与园艺（设施园艺科学与工程）2个专业方向。
学院现有植物保护博士后科研流动站1个，植物保护一级学科博士点1个，植物保护和园艺一级学科硕士点2个，二级学科硕士点6个。拥有农业昆虫学、植物病理学、蔬菜学、果树学、农药学5个校级重点学科，有扬州大学水生蔬菜研究室省级研究机构1个，扬州大学应用昆虫研究所、扬州大学经济林研究所和风景园林设计与旅游规划研究所和扬州大学城市有害生物防治研究所等4个校级研究机构，有植物保护、园艺与园林2个校级教学实验室，有实验农牧场、智能温室等校内实习场所及中国农科院等校外实习基地20余个，是中国银杏研究会挂靠单位。
学院拥有一支职称、年龄、学历结构合理、素质优良的师资队伍，有教职工76人，其中教授19人，副教授21人。博士生导师10人，硕士生导师63人（含校外）。目前有全日制在校本科生近1000人，博、硕士研究生近300人、外国留学生数名，成教生300多人。
学院一贯坚持理论联系实际的优良传统，在教学、科研、科技开发与科技成果转化等方面具有鲜明的特色和优势。现有国家级精品课程1门（昆虫学），省级一类优秀课程2门（植物病理学、昆虫学），省级特色专业（植物保护）1个，省级品牌专业（园艺学）1个，校特色专业2个（园艺、园林）。“十一五”以来，学院共承担国家973、国家科技攻关和国家自然科学基金等国家级科研项目31项，部省级科研项目31项，总经费达3600多万元。不少研究领域或方向的科技成果处于国内领先水平或国际先进水平。近年来共承担省级教改课题2项，校级教改课题6项，先后取得各级各类教学成果奖20多项。
学院一直注重对外交流与合作，与中国科学院和中国农科院等科研单位有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港、斯洛文尼亚等国家和地区建立了良好的合作关系。
“十二五”期间，学院坚持以人才培养为根本，以学科建设为龙头，教学与科研并重，不断深化教育教学改革，加强学科建设和师资队伍建设，积极开展学术研究与学术交流，注重理论与实践相结合，服务社会经济发展，努力把学院建设成为教学、科研、科技开发与社会服务科学发展、和谐发展的研究教学型学院，为把我校建设成为高水平大学作出更大的贡献。
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