中国医学科学院药物研究所成立于1958年，是国家重点药物研究机构之一。现有科技人员300余人，其中正副研究员95人，中国科学院院士2人，中国工程院院士1人。截至目前，我所共有57人获得政府特殊津贴；共有国家级有突出贡献的专家2名，部级（卫生部）有突出贡献的专家8名，首批新世纪百千万人才工程国家级人选5名，国家杰出青年科学基金获得者4名，“长江特聘教授”3名，“院校特聘教授”3名，教育部新世纪优秀人才支持计划获得者4名；共从国内外引进人才30余名。

　　药物所始终以寻找和研究防治严重危害人民健康的常见病、多发病及疑难疾病的药物为主要方向，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，以中草药和天然产物研究为基础，采用现代医药学现代理论和高新技术开展多学科综合性研究。主要研究方向包括抗肿瘤药物、防治心脑血管疾病药物、治疗神经精神类疾病的药物、抗炎免疫类药物、抗肝炎药物、抗病毒药物、抗糖尿病药物以及治疗老年退行性疾病的药物等领域。

　　药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、新药开发等研究科室，具有很强的药物研发能力。特别是在天然产物研究、计算机辅助药物分子设计、组合化学、分子药理学、高通量筛选等领域有明显特色。此外，药物所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心、院校新药安全评价研究中心、卫生部天然药物生物合成重点实验室、教育部中草药物质基础与资源利用重点实验室。2011年批准成立了国家重点实验室－天然药物活性物质与功能国家重点实验室，以及3个北京市重点实验室：活性物质发现与适药化研究北京市重点实验室、药物靶点研究与新药筛选北京市重点实验室、药物传输技术及新型制剂北京市重点实验室。"十一五"期间国家"新药创制"重大专项在药物研究所建立了包括综合大平台在内的多个技术平台，有效增进的研究所的研究能力。

　　药物所始终坚持走产学研相结合的发展道路，现有2家全资企业：北京协和药厂、北京协和制药二厂，以及3家控股企业：北京联馨药业有限公司、北京协和建昊医药技术开发有限责任公司、北京科莱博医药开发有限责任公司。

　　建所五十多年来，共获科研成果奖261项，已研制上市新药百余种， 获新药证书129项，其中以人工麝香、丁苯酞、双环醇、丹参多酚酸、艾瑞昔布等为代表的一类创新药物19项。自1986年国家设立基金制以来，共承担各类科研课题900余项，发表论文6000余篇，编写著作350本，已在国内外申请专利500余项。

　　药物所也是我国高级药学人才的培养基地，其中药学学科为国家教育部批准的全国高校医学重点学科点，并且建立了博士后流动站。药物所拥有一支高素质的教师队伍，承担了北京协和医学院的研究生教学任务。目前在所研究生300余人，至2011年已培养毕业博士生541名、硕士生538名。

　　近年来在面向市场经济，加快科研成果转化，提高产业效益的过程中，药物所所属药厂产值逐年增加。主要产品有：百赛诺、芳活素、紫素、非洛地平片、联苯双酯滴丸、灵孢多糖注射液等，其中一些药物远销国际市场。

　　药物所与国内及日本、美国、德国、法国等30多个国家和地区的制药公司、大学、科研机构进行了广泛的科技合作和学术交流，建立了密切的协作关系。

　　药物所还负责编辑出版《药学学报》、Chinese Chemical Letters（中国化学快报）、Journal of Asian Natural Products Research（亚洲天然产物研究）及Acta Pharmaceutica Sinica B 四种学术期刊。

　　药物所人将继续以“献身、创新、求实、协作”的精神为指引，勤奋钻研、刻苦攻关、与时俱进、继往开来，努力为我国医药卫生事业的可持续发展，为创造社会效益和实现人类健康贡献力量。