据介绍，实施培养机制改革后，南开大学65%的硕士研究生、100%的博士研究生每年都将获得由学校提供的不同等级的奖学金（含研究生培养费和生活费）。其中两年制硕士研究生三个等级的奖学金分别为每年14300元、13100元和11900元；三年制硕士研究生三个等级的奖学金分别为每年11800元、10600元和9400元；博士研究生四个等级的奖学金分别为每年21600元、19200元、16800元和12000元。在第一学年，研究生奖学金的评定主要依据其入学的初试和复试成绩来确定，推荐免试研究生最低享受二等奖学金。在第二学年和第三学年，则根据研究生入学后的综合表现，每年重新评定一次奖学金，让每名研究生都享有公平竞争的机会。享受研究生奖助学金的时间仅限于基本学制期限内。

    除了奖学金外，南开大学研究生还可申请包括助研、助管、助教三类岗位津贴的助学金。 助研津贴主要面向博士研究生，旨在鼓励他们通过参加导师承担的科研项目以提高研究水平能力。助研津贴按照每年 10 个月发放，全部由导师科研经费提供，鼓励导师根据课题研究情况以及博士生参与程度提高比例和标准。每月导师给获得助研岗位的每个博士生支出津贴额度按照学科不同，从每月80元至200元不等。 此外，导师有权根据所指导的硕士研究生参与科研项目情况，给他们提供适当数额的科研津贴。助管津贴面向硕士研究生，分为每月150元和每月300元两个等级，按照每年 10 个月发放。助教津贴面向博士研究生，每月400元，按照每年10个月发放。

    南开大学研究生院常务副院长李靖表示，此次改革不仅仅是收费制度和奖学金制度的改革，而是对研究生培养方式的改革。以前将研究生分为计划内和计划外的方式是固态的一考定终身，不利于激励计划内的学生继续保持学习和研究的热情，也没有给入学时成绩略逊一些的计划外学生以奋发的动力。现在实施的奖助学金制度则是动态的，让每名学生每年都有争取更高等级奖助学金的机会。而奖助学金覆盖面的扩大也可以让学生全身心地投入到学习中。这也与国际上通行的奖助学金制接轨。此外，我们要求招收博士研究生的导师都要有科研项目，能够为研究生提供助研岗位，并从科研经费中划拨助研津贴。一方面加强了导师对学生的指导作用，另一方面也使研究生能够参与到高层次的科研中，提高自己的科研能力。