中国少数民族传统医学研究中心于2004年在国家“985”工程建设基础上进行筹建，2006年10月经国家民委和教育部批准，成为第一批国家民委－教育部共建重点实验室，也是中央民族大学首个科研型实验室。2008年6月，经学校研究决定将中国少数民族传统医学研究中心正式更名为中国少数民族传统医学研究院。
研究院现有实验室总建筑面积多平方米。各类科学实验仪器价值1500 2000万元。聘请本专业专职科研人员20余人，其中“院士”1人，学科带头人和首席科学家1人，具有高级职称教师或博士学位11人，硕士研究生导师10人；另外通过兼职形式的合作人员有25人。
中国少数民族传统医学研究院根据国家有重点地发展基础科学研究的方针和民族医药学发展趋势，本着“充实、完善、凝炼、提升”的指导思想，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，通过明确的研究目标与发展战略、浓郁的创新氛围、丰富的人力资源、足够的资源投入、高效率的项目组织、高质量的过程管理、有效的业绩考核创造良好的科研环境和实验条件，使本实验室逐步成为一流学者会聚、高层次人才快速成长、高水平研究成果层出不穷的中国民族医药学研究基地，构建成为布局合理、功能齐全、开放高效、体系完备的国家级开放型科研平台。
学科发展
中国少数民族传统医学研究院自成立以来被先后在中央民族大学 “985工程”二期建设项目，“十·五”规划，“211工程”二期建设项目支持下，加强科学研究、高层次人才培养及学术交流，完善民族医学学科发展的支撑体系建设，促进科研成果的社会转化，努力为少数民族健康与少数民族传统医药事业发展做贡献。
几年来，少数民族传统医学学科迅速发展。已形成了一支具有高度创新能力、开放性和学科交叉特点的创新团队，建立了完善的人才培养机制、科学的项目管理体制和运行机制，构建了中国特色的少数民族医药理论体系，不断提升少数民族医药学等学科的建设水平。
目前，研究院是创新药物与民族药现代化国家民委—教育部重点实验室，中国少数民族医药文化学被列入北京市重点（交叉）学科，2008年，中国少数民族传统医学学科被列入中央民族大学“211工程”三期重点学科建设项目，主要开展少数民族传统医学、少数民族药学、少数民族公共卫生等方面的研究。与此同时，研究院正积极进行中国少数民族传统医学国家重点实验室。
研究生招生
研究院目前拥有中国少数民族传统医学博士、硕士学位授予点以及民族医学硕士学位授予点，每年计划培养20名左右硕士，5名左右博士。已培养硕士20余人。
中国少数民族传统医学研究院于2008年1月成功申请并获得国家教育部批准设立中国少数民族传统医学博士学位授予点。
中国少数民族传统医学博士主要是培养一批掌握民族传统医药基础理论与应用基本技能的人才，具备少数民族传统医药文化保护与传承技能的专门人才，能够为国家制定民族医药政策和法规提供依据的人才，为少数民族地区医药卫生提供管理型人才，具备独立研发出具有少数民族特色药物的高级专业复合型人才，以及少数民族传统医学教育人才。中国少数民族传统医学博士研究的方向和范围主要是民族特色医疗技法的传承；少数民族医药文化遗产保护研究；民族医药学基础理论研究；民族医学人类学研究；民族药物资源应用开发；民族地区人群疾病防治；民族医药研究人才培养研究以及民族医药政策与法规研究。
中国少数民族传统医学博士点的设立是为了完善民族医药学知识体系，为我国少数民族地区医药资源的开发利用和改善少数民族地区医药卫生条件。建立符合少数民族地区实际少数民族预防医学理论体系，对提高少数民族地区的卫生健康水平具有重要的作用。将为少数民族地区制定营养与健康的具体指导内容，并将应用推广于整个少数民族地区，最终服务于少数民族地区的健康，减少疾病的发生。开展少数民族传统医学理论、经验、方法的现代研究，将为进一步挖掘、整理少数民族传统医学理论，形成科学的民族医药理论体系奠定基础。
科研课题介绍
研究院目前承担的各类科研项目30多项；其中国家级科研项目10多项，总经费400多万元。尤其是近年来，随着人才的不断引进，研究院承担科研项目的数量和质量取得了突破性进展。2005年来，获得国家自然科学基金项目5项，国家科技攻关及其他专项课题6项，以及地市级科研项目若干。主要承担的科研项目如下：
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