1993 年，面对因三峡工程建设启动带来的“库区百万移民和安稳致富”这一世界级难题，重庆工商大学长江上游经济研究中心的前身，原重庆商学院经济研究所应运而生。2002 年 7 月，学校在原经济研究所、区域经济研究中心基础上成立区域经济研究院，同年被遴选为重庆市首批人文社会科学重点研究基地。 2002 年 9 月，长江上游经济研究中心（以下简称“中心”）在区域经济研究院的基础上，依托区域经济、产业经济、统计学等优势学科成立。2004 年，中心被教育部批准为重庆市唯一部市共建的“普通高等学校人文社会科学重点研究基地”，成为全国唯一系统研究长江上游地区经济社会重大战略问题的国家级学术平台。2006 年，由重庆工商大学牵头，整合重庆社会科学院、重庆邮电大学和重庆交通大学四家单位产业经济领域的科研力量，联合成立“重庆市人文社会科学重点研究基地”——重庆市产业经济研究院。至此，中心“一心辖两院，一心推两院”的发展模式得以形成（下辖区域经济研究院、产业经济研究院，推动经济学院、财政金融学院发展）。

2009 年，区域经济研究院在全市首批重点研究基地评估中位居全市综合排名第一。同年，中心荣获“全国教育系统先进集体”荣誉称号，常务副主任文传浩教授代表中心在人民大会堂受到胡锦涛、温家宝、习近平、李长春等党和国家领导人集体接见。2010 年，中心在教育部五年评估中位列同类基地全国第三名。 2012 年，中心牵头申报的“三峡库区百万移民安稳致富国家战略”服务国家特殊需求博士人才培养项目获得国务院学位办批准。2013 年，由中心牵头建设的“成渝经济区城市群产业发展协同创新中心”获批“重庆市 2011 协同创新中心”。 2014 年，应用经济学博士后科研流动站获得国家人力资源社会保障部批准。2015年，应用经济学在重庆市“十二五”市级重点学科验收评审中荣获优秀。2016年，在教育部人文社会科学重点研究基地测评中，中心在全国 151 个基地中综合排名第 63 名，其中社会服务能力位居 12，决策支持能力排名第 8；在经济类“学术片”24 个基地中综合排名第 10。2017 年，中心分别入选中国核心智库和中国智库索引（CTTI）来源智库。同年，中心成立“一带一路”与长江经济带协同创新研究中心，并入选重庆市重点专题智库。2018 年，由中心牵头申报的“重庆