生态学专业（硕士、博士学位点071012）含森林生态、林业生态工程、生态气候、植物生态、景观生态、农业生态、污染生态七个研究方向。

　　森林生态学：研究森林生态系统结构、功能与动态演替；森林生态系统生物多样性及复杂性；森林健康评价与管理；森林质量、景观格局及环境效应；森林水生昆虫生态；森林界面生态过程；森林对全球气候变化的响应；树木生理生态特性及抗逆性机制与调控；天然林经营管理与保护对策；人工林土壤生态管理理论与技术；城市森林结构及生态服务功能：“3S”（GIS、RS、GPS）技术在森林资源管理中的应用。

　　林业生态工程：防护林构建、培育及其生态学基础；防护林生态系统健康管理的理论与技术；林木种质资源选育及优化组合利用技术；退化立地生态恢复与植被重建；土地荒漠化形成的生态学机制及防治技术。

　　生态气候：研究森林、农业、草原等主要生态系统的结构与水文、气象功能；生态系统的水气功能调控机理与生产潜力评价；森林作用层生态过程的模拟与模型建立；大型生态工程（包括林业生态工程、农业生态工程等）建设的水文、气象效应，为生态工程优化设计提供理论依据和定量指标。本学科还研究生态破坏可能引起的水、旱、风、沙等自然灾害的性质和程度及其防御对策，并涉及生态系统对全球气候变化的影响与响应。

　　植物生态学：研究植物与环境因子（大气、光、水分等）之间的关系和相互作用；种子植物和孢子植物（菌物、苔藓、地衣等）的种群生态和群落生态；植物-微生物共生生态机理和调控；生物多样性，特别是珍稀濒危植物、菌物和重要资源植物、菌物的生态保护及持续利用。

　　景观生态学：以野外考察、遥感、地理信息系统和全球定位系统（3S）技术为主要手段，研究不同时空尺度景观的空间格局、生态过程与动态变化，建立景观指标体系与空间直观模型，进行区域景观评价与生态安全、区域景观格局变化与全球变化、区域生态规划与生态建设、自然保护区与森林公园的保护与生态旅游研究。

　　农业生态学：研究农业生态系统的养分循环（农业生态系统养分平衡，土壤-作物-喂饲系统养分循环再利用，农田土壤磷肥残效和叠加效应，土壤中氮的矿化与固定，土壤-植物系统中氮的去向、转化与循环，农业系统养分调控管理与土壤肥培肥技术）；农业生态系统的水分循环（农田水量平衡与转换，提高作物水分利用效率的途径，农田生态系统水肥调控途径）；农业生态系统的结构与功能；农业系统的能量流动，生态农业与农业生态工程；人类活动对农业生态系统生产力及生态环境的长期影响等。

　　污染生态学：研究环境中有机、无机污染物的生态过程与生态效应，包括土壤-植物系统及其边界环境中迁移规律、生态行为、净化机制与毒理效应；陆地生态系统对典型污染物的污染生态响应；污染影响下生态系统的进化与退化过程、抗逆性能与抗逆机理；痕量与大量污染物对土壤物理、化学与生物学特性的影响；土壤-植物系统及其环境污染引起的急性、亚急性与慢性毒性对生态系统结构、功能、生产力与资源利用效率的影响；陆地生态系统污染的生态毒理学诊断与环境安全评价；复合污染的生态效应及分子机制；土-岩界面物质交换及其对土壤健康质量的影响；陆地生态系统典型污染物的生物标记物研究；生态工程土地处理系统系列优化设计与工业废水处理研究：土壤非点源污染控制途径与技术；固体废物无害化资源化途径与生态机理；污染土壤生物修复工艺与原位、异位修复生态工程技术；大型工矿区生态环境整治。

　　植物学专业（硕士学位点071001）含植物多样性、资源植物学、植物生态学三个研究方向。

　　植物多样性：（1）种子植物区系与系统。在研究东北植物区系、分类及系统演化的基础上，重点进行专科属研究及特有植物的研究。积极开展国际间的合作，并进行跨地区、跨国界的区系植物研究。（2）孢子植物学。主要进行苔藓、地衣、真菌分类区系及系统演化研究。在全国志编研的同时，开展专科专属和系统演化研究。

　　资源植物学：（1）植物化学：重点开展药用植物的开发和利用。（2）东北特有及稀有濒危植物的保护和永续利用研究：包括植物就地和迁地保护、引种驯化及（观赏植物）新品种培育等。植物生态学：（1）植物种群和群落生态学：研究孢子植物（苔藓、地衣、真菌等）和种子植物的种群特性和变化动态，群落的分布规律及演替、植物与环境之间关系和相互作用。（2）植物保护生态学：植物多样性研究及珍稀濒危和重要类群（固氮植物、资源植物）植物生态保护理论和实践。

　　环境科学专业（硕士学位点：083001）含水土环境介质污染诊断与修复、环境污染化学与生态毒理、食品安全与质量控制三个研究方向。

　　水土环境介质污染诊断与修复：本所是国内最早开展环境科学研究的单位之一，开创了土壤植物系统污染生态学研究领域，主要开展环境化学、污染生态过程、水污染控制、土壤污染修复、退化生态系统恢复与整治等研究。

　　环境污染化学与生态毒理：主要开展陆生污染生态毒理的研究，侧重于对土壤和沉积物中重金属不同赋存形态条件下植物的半致死剂量及模型以及从食物了链效应和种群水平对土壤有机污染物生态毒理进行研究，特别注重对复合污染的毒性效应及联合毒性进行研究。

　　食品安全与质量控制：研究作物生长环境及其食品加工环节的质量安全评价体系；应用现代分析技术和手段，建立绿色食品中重金属及农药残留的检测方法；围绕绿色食品基地建设，开发快速便携检测仪器；制订和修订食品安全的产品标准和方法标准；研究被污染产品的净化技术和方法。

　　土壤学专业（硕士、博士学位点090301）含土壤物理与节水农业、土壤植物营养（化学）、土壤生态、土壤环境与土壤物质循环过程四个研究方向。

　　土壤物理与节水农业：研究土壤特性的空间变异性；节水灌溉条件下的水肥运移与调控机理；农业生态系统水分平衡与节水技术；区域生态系统结构、功能与农业水资源管理；农业面源污染与水土管理；农田生态系统水肥耦合效应；土壤大空隙的发生与形态学；土壤优先流的行为、调控与模拟；土壤中环境污染物的优先迁移与调控；土壤保湿剂的抗旱机理与开发应用；农业生态工程与水土工程等。

　　土壤植物营养（化学）：以东北地区主要土壤为对象，研究土壤作为陆地（森林、农田、草地）生态系统乃至整个生物圈的中心环节，在物质循环和能量流动中的独特作用与功能；不同植物种群及其配置对土壤物质和能量的同化量及据此提出优化植物种群配置；仿自然顶极结构的植物种群配置所需的优化土壤条件及其建立的途径与措施；土壤生态系统平衡地位的保持与提高土壤库的结构特征、构成特点；库容和通量、增大库容和通量的途径与措施；土壤生物学活性在评价土壤肥力、促进物质转化、防止土壤污染和提高化肥肥效中的作用及其有关的应用问题等。

　　土壤环境与土壤物质循环过程：研究人类活动与土壤环境演化规律之间相互作用关系，研究生物与受人类干预的土壤环境之间相互作用的机理和规律及其调控途径和措施；从全球变化和土壤资源可持续利用的角度出发，以土壤有机碳、氮的生物化学转化和循环过程为核心，重点研究外源有机物料以及土壤有机质的微生物代谢过程。

　　土壤生态学：以土壤生物为中心，研究土壤生物间、土壤生物与土壤非生命环境间的相互作用，土壤生物群落与土壤内部环境以及外界环境之间的能量流、物质流和信息流；研究土壤动物与微生物之间的相互作用，土壤生物对全球变化的响应，土壤生物多样性与生态系统功能的关系；研究土壤健康与农产品安全生产技术体系。

　　森林培育学专业（硕士学位点090702）含天然林培育与管理、次生林生态系统生态过程与经营、防护林营造与经营管理和人工用材林培育四个研究方向。

　　天然林培育与管理：研究天然林维持、利用、经营及保护的理论与技术体系；天然林在洪涝灾害防治、生物多样性保护、全球碳平衡等方面的贡献；天然林保护工程综合效益评价；天然林资源可持续经营决策支持系统等。

　　次生林生态系统生态过程与经营：研究次生林自然干扰过程、结构调控与定向分类；主要类型次生林土壤养分和水分循环；干扰条件下次生林主要建群种生理生态；次生林人为干扰和自然干扰（雪/风灾）后的生物多样性变化；次生林天然更新障碍因子与人工促进天然更新；次生林培育理论与技术；山区森林资源综合利用开发试验示范等。

　　防护林营造与经营管理：研究防护林优化配置和结构调控；防护林生态系统健康管理理论与技术；防护林近自然更新与低价防护林改造理论与技术；防护林人工生态系统养分循环及其利用效率，森林植被结构组成与水平衡；退化生态生态恢复的生态过程与生态评价。

　　人工用材林培育：研究用材林为主体的多功能人工林生态经营技术；人工林生态系统结构、功能及生态过程；人工林长期生产力的形成机制；单一树种组成对林地土壤结构、功能和生态过程的影响；人工林土壤有机C、N积累与转化过程等。

　　微生物专业（硕士、博士学位点071005）含微生物工程、微生物固氮、微生物生态、真菌系统学和生物学四个研究方向。

　　微生物工程：主要研究维生素C、多种氨基酸、有机酸，不饱和脂肪酸等产生菌的代谢、调控及工程菌的构建；研究筛选新型生物活性物质，应用现代生物技术改造传统食品、生物药物，并开展环境保护及研制新型生物农药及生物肥料等。

　　微生物固氮：应用现代生物技术，从细胞水平至分子水平，系统研究豆科植物、非豆科植物共生固氮资源，固氮效率及作用机理；研究共生遗传特性，克隆固氮和结瘤基因，发现生物多样性，揭示共生菌在根际存活的基本特性及生产应用等。

　　微生物生态学：运用分子生物学和现代生态学的观点与方法，研究污水和固体废弃物的微生物净化过程与技术；微生物新资源的开发利用；陆地生态系统温室效应气体的微生物产生机理、排放过程与调控；微生物对大气环境变化的响应及其对陆地生态系统养分转化过程的影响及调控。

　　真菌系统学和生物学：主要研究高等担子菌的系统学，包括分类学、分子系统学，主要林木病原真菌的遗传学和分子生物学、药用及食用真菌学。