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蚌埠医学院第二附属医院坐落在风景秀丽的蚌埠市龙子湖畔，东连大学城及高铁站，西临市政府，南北相连城市居民区，地理位置优越，交通便利。医院占地面积120余亩，建筑面积近6万平方米，绿化面积达86%，是一所集教学、科研、医疗、预防、康复和社区服务为一体的省直三级综合医院。
医院始建于1915年，岁月沧桑，几经变革，1949年医院正式挂牌蚌埠铁路医院，后逐步发展成为规模较大，技术力量较强，医疗设备先进，学术水平较高的上海铁路局蚌埠铁路分局中心医院，也是全国铁路系统建院最早的医院之一。2000年5月医院与蚌埠医学院建立非直属附属医院关系。 2004年随着铁路体制改革，医院分离出铁路系统，根据皖政秘[2004]91号文件，2004年8月19日，蚌埠铁路中心医院正式移交蚌埠医学院，正式更名为“蚌埠医学院第二附属医院”，进入安徽省直事业单位管理序列。
医院现有职工864人，其中医院享受省部级以上政府津贴3人，享受国务院津贴1人，卫生厅学术技术带头人1人。20余人担任省级以上专业学术委员会委员、常委，省级以上学术委员会副主任委员3人。医院编制床位550张，实际开放床位701张，规模床位800张。设临床科室26个，医疗技术科室10个。医院泌尿外科、整形外科、普外科（微创外科）、肾内科（人工肾）、感染性疾病科、肿瘤外科、血液内科、妇产科、心内科、呼吸科、神经内科、妇产科、眼科、口腔科、重症医学科等特色专科技术力量雄厚，临床诊疗手段在同级医院中居领先水平。康复科对颈、腰、腿等慢性疾病的治疗康复取得一系列研究成果，在治疗偏瘫上有独特方法。微创外科、血液透析、核素治疗、震波碎石、医学影像中心等技术优势相继形成。检验科被国家卫生部临床检验中心授予“全国优秀实验室”。近年来，医院坚持科技兴院，大力推进新技术应用和科研活动，一批先进的新技术、新疗法应用于临床。目前以有23项科研成果通过省、医学院和市级鉴定。
医院医疗设备设施在皖东北地区同级医院中居领先地位。拥有医院现有美国GE1.5T超导磁共振、飞利浦64排128层CT机，1250mA DSA，进口全功能麻醉机、呼吸机、彩色多普勒、血气分析仪、全自动生化分析仪、ICU、CCU监护设备、血液透析设备、进口超声乳化白内障治疗仪、脑彩超、大型数字减影X光机、数字化X线乳腺成像系统（CR）、体外循环机、C臂X光机、碎石机等大型设备，等一批世界高精尖医学诊疗设备。医院病房大楼设备设施齐全，每个病床配置“三集中”设施，病房有独立的卫生间、冷热水、空调、暖气系统，门（急）诊大楼引入现代医院设计理念，诊疗科室、候诊区域设计科学、合理，彰显人性化服务特色。
医院担负着蚌埠医学院、东南大学医学院、安徽医专等6所大中专学校的临床见习和实习任务。05年该院教学楼投入使用，开始接受蚌埠医学院医学本科临床理论课教学。设有10个临床教研室，教室、媒体室、示教室、自习室、电子阅览室和临床技能培训中心等教学用房总面积达4200多平方米。拥有硕士研究生导师12人，硕导学位达50余人。医院围绕“中国医学本科教育标准”，结合工作实际，以培养“具有初步临床能力、终身学习能力、良好职业素质的初级医生”为总体方向，积极探索教学改革的新路子。积极开展了“三早”医学教育模式的探索，使医学生尽早接触临床、尽早接触社会实践、尽早接触临床科研，以期实现对医学生的“立体式”培养。
近年来先后承担各级各类科研课题45项，其中细菌L型“863”系列培养基的研制等17项科研成果获得铁道部科学技术进步奖、安徽省科技进步奖、上海市科技进步奖、上海市优秀发明、上海铁路局科技进步奖、蚌埠市科技进步奖等荣誉。
医院以丰厚的文化底蕴为基础，确立了“质量立院，科技兴院，人才强院，特色亮院”的办院方针，“服务从心开始，关爱用心体现”的服务理念深入人心。该院已连续多年被省、市政府和行政主管部门授予“诚信医院”、“文明单位”、“以病人为中心，创优质服务、树行业新风”示范医院、“明码标价”示范单位和“花园式”单位等荣誉称号。
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