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蚌埠医学院医学检验系自1982年着手筹建，1984年经国家教委和卫生部批准开始招收四年制医学检验专业本科生，1985年学制改为五年；1998年获得《临床检验诊断学》硕士学位授权点；2006年依托医学检验专业申报了临床输血专业方向（本科），已于2007年开始招生；2006年申报卫生检验与检疫技术专业（专科）并于同年招生。蚌埠医学院是全国首批批准建立医学检验本科专业的六所高等医学院校之一，经过二十年的不懈努力，现已发展成为安徽省医学检验高级专门人才的培养基地。2002年被安徽省教育厅遴选为安徽省省级教学改革示范专业，2007年被国家教育部批准为全国第二批高等学校特色专业建设点。
医学检验系设置生物化学与分子生物学、免疫学、临床检验诊断学和核医学4个教研室；免疫学和临床检验诊断学2个实验中心；以免疫学实验中心为主体的“感染与免疫实验室”为安徽省省级重点实验室；“生物化学”、“临床生物化学和生物化学检验”课程为安徽省省级精品课程，“医学免疫学”为院级精品课程；“临床检验诊断学”为安徽省省级重点学科，“生化与分子生物学”“免疫学”为院级重点学科。生物化学与分子生物学教学团队为安徽省省级教学团队，临床检验诊断学实验中心为安徽省省级示范实验实训中心。
学院和系部重视师资培养，先后十余次公派教师赴德、英、日、美、荷兰等国留学访问；30多人次被选送到国内重点院校研修、攻读硕士或博士学位。全系现有教职工73人，其中专任教师50人；职称结构为教授6人，副教授12人，讲师27人，助教5人；高级实验师2人，实验师7人；学历结构为博士8人，硕士30人，博士在读3人，硕士在读4人，另有兼职教授6人。
近五年来承担国家级和省厅级科研课题40余项；国家级、省级和院级教研课题20余项；在国内外省级以上杂志公开发表学术论文400余篇；获安徽省优秀教学成果奖3项，省高校科技进步三等奖1项，省优秀学术论文奖10余项，与校外合作科研项目获卫生部科技进步三等奖1项。先后40余人次参加50余部规划、协编教材及9部专著的编写工作。其中参编规划教材——《临床生物化学和生物化学检验》（第3版）获2005年全国高等学校医药优秀教材一等奖。
医学检验系现有“临床检验诊断学”和“免疫学”两个硕士学位点，每年招收10~18名硕士研究生，现两个专业在校研究生43人。本、专科生每年招收260余名，现在校生共1054人。先后在省内外建立了40余家教学实习医院和实习基地。二十余年来，共培养检验专业本、专科和研究生1400余名，毕业生受到用人单位的一致好评，年就业率一直接近100%，毕业生分布于全国各地，工作在教学、科研和医疗等第一线。据不完全统计，已有60%以上成为各单位的业务骨干，100余人担任了检验科主任，200余人考取硕士、博士研究生或出国深造。
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