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基础兽医学的研究是针对兽医实践中所出现的各种基础性的科学问题，利用现代生物技术研究其机理，为临床兽医学和预防兽医学的研究提供基础理论和数据支持，并直接服务于畜牧科学，为动物营养与饲料科学、动物遗传育种与繁殖学的发展奠定基础。
江西农业大学基础兽医学硕士点是由1981年获硕士学位授予权的动物生理生化硕士点和1986年获硕士学位授予权的动物解剖学、组织学和胚胎学硕士点于1997年根据国家教育委员会关于博士、硕士专业学科调整的要求，与我校兽医病理学、兽医药理学及毒理学等四个学科合并而成。现有教学科研人员15人，其中教授1人、副教授4人、高级实验师2人。
该硕士点先后完成了国家和省级科研项目20余项，在畜禽内分泌研究、微量元素与内分泌研究、产蛋鸡热应激与抗热应激研究、抗猪瘟病毒单克隆抗体研究等方面形成了自己的研究特色。并主持和参与了《奶牛免疫乳开发利用的研究》，《江西玉山黑猪消化系统发育的研究》，《Ghrelin对离体鸡肝细胞功能的调控及其机理研究》，《g-氨基丁酸对肉鸡生产性能的影响及其作用机制研究》，《新型饲用生理调控剂的研发与应用》等研究项目。在各级学术刊物发表或在学术会议上宣读的论文百余篇，出版了专著及统编教材10余部。
该硕士点共培养出硕士研究生40余人。目前，有硕士研究生导师5人，在读硕士研究生5人。研究方向涉及动物生理学、动物组织化学、兽医药理学与毒理学等。 基础兽医学下辖三个实验室：动物解剖与组织胚胎学实验室，总面积720 m2，仪器设备的总价值为40多万元；动物生理生化实验室，总面积660m2，仪器设备的总价值为40多万元；兽医药理学和兽医病理学实验室，总面积760m2，仪器设备的总价值为50万多元。
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