学校建校之初成立基础部承担全校公共课教学任务，20世纪七十年代成立马列教研室（处级建制）承担全校公共政治理论课教学。1985年学校在马列教研室的基础上整合校内资源设立社会科学系并设思想政治教育本科专业；1993年获批思想政治教育硕士点（1998年该硕士授权点按照学科调整要求更名为马克思主义理论与思想政治教育，2005年按照国务院学位委员会学科调整的规定，该授权点拆分为马克思主义基本原理、思想政治教育两个二级学科硕士授权点）。1993年学校将校德育教研室并入社会科学系，至此社会科学系全面承担全校公共政治理论课教学任务。1997年7月原合肥工业大学与原安徽工学院合并成立新的合肥工业大学，原安徽工学院社会科学系与原合肥工业大学社会科学系合并成立新的社会科学系。1999年6月学校按照学科群建设进行院系调整，将社会科学系与外语系合并成立人文经济学院，2001年马克思主义理论与思想政治教育学科点获批为省级重点学科，2004年获批科学技术哲学硕士点。2007年12月学校按照学科建设发展需要，决定成立外国语言学院，人文经济学院原属外语系、大外部及英语本科专业、硕士点并入外国语言学院。2008年11月马克思主基本原理、思想政治教育被列为安徽省第三批重点学科。2010年2月学校按照教育部要求，成立马克思主义学院。该机构作为学校思想政治理论课教学科研机构，既是思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，又是马克思主义理论学科点的依托单位。
学院拥有78人的优质教师队伍，其中教授12人，副教授36人，具有博士学位的教师26人，在读博士9人，全国高校思想政治理论课教学指导委员会委员1人，全国首届优秀“两课”百佳教师1人，全国优秀教师、全国高校优秀思想政治理论课教师1人，安徽省教学名师1人，博士生导师1人，安徽省高校学科拔尖人才1人，安徽省优秀理论工作者2人，安徽省模范教师1人，安徽省高校优秀教师、优秀思想政治教育工作者2人，安徽省优秀德育工作者3人，45岁以下教师全部实现硕士化。学院下设马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、思想道德修养与法律基础（思想政治教育系）、中国近现代史纲要和研究生思想政治理论课等5个教研部；下设思想政治教育研究所、绿色文化与和谐社会研究所（马克思主义基本原理研究所）、马克思主义中国化研究所、中国近现代国情研究所、软科学与STS研究所等院属研究所。建有合肥工业大学现代科技发展与马克思主义理论研究中心（省级人文社科重点研究基地）、安徽省普通高等学校辅导员培训中心、合肥工业大学生态经济与人文中青年创新群体（共建）和校外实习基地。
学院按照马克思主义理论一级学科点的涵盖范围，结合我院实情和特长，不断突破和凝练，形成了鲜明的学科特色，凝练出6个学科方向：马克思主义理论与和谐社会构建及管理研究，马克思主义理论教育规律与方法研究，现代科技与信息条件下的大学生思想政治教育研究，中国特色社会主义理论体系的形成与发展研究，国外马克思主义和社会思潮研究，近现代中国国情与区域发展问题研究。此外，学院还设有科学技术哲学二级学科硕士点（支撑研究生思想政治理论课《自然辩证法概论》、《中国马克思主义与当代》教育教学）和思想政治教育本科专业。公开发表论文 500余篇，出版专著 20余部；主持国家社科基金重大招标项目1项、国家社科基金一般项目4 项、教育部社科重大招标项目子课题1项，主持教育部人文社科项目等省部级项目51项，其他课题46项；获得省级科研奖10余项，其他奖18项，其中安徽省社会科学文学艺术一等奖2项；获得省级教学优秀成果特等奖1项，二等奖3项，荣誉奖16项。国家级精品课程1门，省级精品课程3门，5人次获得安徽省教育教学优秀课件一、二等奖及全国教学课件优秀奖。
近年来，学院以教学为中心，以学科建设为龙头，以科研为支撑，以队伍建设为重点，正全面提升思想政治理论课的教育教学质量和马克思主义理论的科研水平。
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