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合肥工业大学是教育部直属的全国重点大学，是国家“211工程”重点建设大学。2009年4月学校决定按照教育部和国家发改委有关试办“国家示范性软件学院”要求和标准成立软件学院，并从2009年学院开始招收软件工程专业本科生。
学院秉承合肥工业大学“厚德、笃学、崇实、尚新”的校训，坚持质量至上原则，遵循高等工程教育的内在规律，借鉴国际先进经验，以培养“多层次、实用型、复合型、国际化的精英型软件工程人才”为目标，注重办学特色，严格培养质量。学院根据信息产业的发展，以市场需求为导向，创建崭新的课程体系和教学模式，构建在软件开发、数字媒体、嵌入式系统三方向高层次软件工程技术和工程管理人才培养体系。
学院积极探索新型办学理念和办学模式。发挥合肥工业大学在信息学科领域自身、交叉和融合的优势，加强和国内外大学合作，采用国际上最新优秀教材，聘请校内、国内外著名大学教授和著名软件公司的软件专家和管理专家授课；强化英语教学，强化在软件实习基地的项目研发实践教学。
学院与MICROSOFT、IBM、ORACLE、INTEL、HP、卡内基-梅隆大学等国外著名的IT企业和著名高校开展多途径合作办学，力求在管理体制和运行机制上创新。
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