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基础医学院的前身为基础部，始建于1976年，2000年6月正式更名为基础医学院。
学院现有12个教研室（病理解剖学、病理生理学、生物化学、生理学、药理学、组织胚胎学、微生物学、寄生虫学、免疫学、化学、人体解剖学、核医学）和1个教研组（神经生物学）、4个教学实验中心（形态、机能、病原微生物与免疫、综合实验）、8个研究所（基础医学研究所、天然药物研究所、生物药物研究所、神经生物学研究所、病理与法学研究所、临床病毒研究所、人兽共患病研究所、放射医学研究所）和1个研究中心（过敏与免疫）。
学院拥有一支学科、学源、学历、职称结构较为合理，勤政廉政、爱岗敬业、乐于奉献的教职工队伍。现有教职工223人，其中教师163人、教辅43人、技术工人7人、政工6人。教师中，具有硕士以上学位的教师150人，占教师人数的92%，其中，已取得博士学位的有60人，在读博士16人。目前，学院有教授28人，副教授67人，讲师65人，高级实验师11人。有全国模范教师1人，全国优秀教师1人，全国“三八红旗手”1人，江淮十大女杰1人，省“三八红旗手”1人，省十佳女教育工作者1人，省级劳动模范6人，省级优秀共产党员1人，省级教学名师4人，省级教坛新秀5人。
近年来，学院涌现出一大批优秀人才，2人入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”；4人为省学术技术带头人；13人入选省学术技术带头人后备人选；4人为省高校“十五优秀人才计划”拔尖人才；10人入选省高校学科带头人培养对象；5人获安徽省杰出青年基金。1991年以来，先后有49人享受国务院或省政府特殊津贴。
学院现有省级实验室1个，省级重点学科4个，省级实验示范中心4个，省级实训中心2个；病理学科为国家级特色专科，生物技术专业为省级特色专业；2个博士学位授权点学科，10个硕士学位授权点学科；9门省级本科教学精品课程、1门省级研究生教学精品课程。2004年以来，承担各类科研项目数逐年攀升，其中包括1项973子课题、57项国家自然基金项目（包括1项重大研究计划）。2004年来发表学术论文1366篇，其中SCI源期刊246篇，核心期刊815篇，统计源期刊305篇；出版专著50部、主编参编教材242人次；获国家发明专利4项；获省部级科研成果奖17项，厅级科研成果奖7项。
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