第四军医大学航空航天医学系是国家级重点学科和全军重点建设学科，是首批国家“211工程”、首批军队“2110工程”重点建设学科和教育部首批“长江学者奖励计划”特聘教授设岗学科，是军队首批获准立项建设的教育部重点实验室，是全国唯一专门培养航空航天医学专业人才的教学、科研机构，是国内高校仅有的航空航天医学专业本科、硕士、博士授权学科和博士后培养点。建系以来，为国家和军队培养了航空航天医学专业本科生4100余名，硕士研究生172人，博士研究生75人，为空军、海军、陆航和总装系统培养进修生1200余名，为民航系统培养进修生1100余名（民航总局规定民航系统航医只有取得航空航天医学系航空航天医学进修班结业证后才能上岗工作），连续14年承担民航系统高级职称评审任务。
近年来每年招收空军临床医学专业本科生50～100人，航空航天医学专业，应用心理学专业硕士、博士研究生20～30人。每年开设全国航空航天医学专业进修班、航空救生培训班、空运后送培训班、高级心理医师培训班、心理学硕士学位课程班各一期，此外还根据部队和地方需要，开办了心理疾患诊治骨干培训班、视觉功能鉴定培训班、高压氧医学操舱人员上岗证培训班等培训内容。
与美国Northwestern University建立了联合博士培养点，并与NASA（美国航天局）、ESA（欧洲航天局）、俄罗斯军事医学科学院、University of California，Irvine、Case Western Reserve University、University of Oxford的一些相关研究室建立了长期稳定的合作关系。拥有一批在国内相关领域知名的学术带头人，近年来选派了30余名科技干部到美、俄、英、法、德、日等国进修、访问、合作研究及学术交流。青年学者连续两次获得国际重力生理学年会优秀墙报奖（该奖项每三年评一次，每次仅设1名）。
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