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学院现有5个硕士点学位点(生态学、森林培育、木材科学与技术、林木遗传育种、园林植物与观赏园艺)和1个林业工程领域硕士专业学位点,其中,生态学硕士点于1985年获学位授予权,1986年开始正式招生;森林培育硕士点于2003年获学位授予权,2004年开始正式招生;木材科学与技术、林木遗传育种、园林植物与观赏园艺硕士点于2006年获学位授予权, 2007年开始正式招生;目前我院有硕士研究生指导教师48人,在校的科学硕士研究生133人,生源有来自广西、广东、湖南、湖北、河南、河北、四川、重庆、辽宁、江西、淅江、山西、山东、天津、吉林、内蒙等地。学院自1986年招生以来已培养毕业了12届硕士研究生,毕业81人,有的研究生直接考取中国科学院、中国林业科学研究院、北京林业大学、南京林业大学、中山大学、华中农业大学等博士研究生。林业工程领域硕士点于2006年5月获得专业学位授予权,2006年7月开始正式招生,目前,在校的林业工程领域专业学位研究生15人,聘任校内导师3人,校外企业导师5人。
    此外,学院在做好硕士研究生培养的同时,为适应社会高层次人才培养的需要,学院与北京林业大学联合举办在职攻读农业推广(林科)硕士专业学位研究生班,自2000年开始招生以来,已培养毕业了4届专业学位研究生,毕业37人,现在在校就读74人。

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