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卫生部法医学重点实验室是1999年10月由卫生部科教司同意，在西安交通大学法医系组建的。该重点实验室由卫生部与公安部和最高人民法院联合共建，不仅为我国卫生事业发展做出贡献，同时也针对我国公安和司法系统需求进行研究。该实验室是国家法医学科建设最早的实验室之一，西北地区仅此一家，现有DNA实验室，电泳实验室，HLA实验室，病理学实验室和病理学实验室等。特别是DNA实验室，电泳实验室和HLA实验室是国内条件优良，技术水平能与国际接轨的实验室。在骨牙DNA多态性，器官移植配型，亲子鉴定，酒精中毒，吸毒，蜡塑模型等方面研究达到国际先进水平，其中骨牙DNA多态性，器官移植配型和亲子鉴定达到国际水平。为全国公、检、法系统培养法医专业人才近1500人，陕西省90％以上法医由该学科培养。利用这些实验室，累计接收陕西省和全国公检法委托的刑事民事案件科学鉴定任务数千起。很多案件在国内影响很大，为司法工作提供了有利的科学证据，为我国法制建设和人才培养做出了巨大的贡献。
实验室先后承担国家“九五”攻关课题两项，国家自然科学基金8项，卫生部科研基金7项，陕西省自然科学基金4项，国际合作项目2项，十多人参加了中科院人类基因组计划的工作。共主持国家，地方科研课题22项，近三年到位经费共计140万。先后有12个项目获省部级以上科技成果奖，1项专利。目前正在承担的科研项目13项。已发表论文154篇，正式出版专著7本，参编全国统编教材8本。
法医学实验室现有法医学硕士，博士授予权，并为法医学项目博士后流动站。现有教授10人，在读博士11人，在读硕士20人，并与中国人民公安大学，北京市公安局法医鉴定中心联合培养硕士，博士，在全国十多个城市设有法医学教学实习基地。实验室承担法医本科生，硕士生，博士生，全国法医干部培训班的教学工作，十多年来共培养本科生200多人，硕士生40多人，博士生11人，分布于全国各地。实验室按照“开放，流动，联合，竞争”的运行机制，边建设边开放，欢迎相关学科的交流及联合研究工作。
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